Chính sách thuế đối với bệnh viện là yếu tố cốt lõi giúp các cơ sở y tế tuân thủ pháp luật, tối ưu hóa chi phí và nâng cao hiệu quả hoạt động. Những quy định này không chỉ tác động đến tài chính mà còn ảnh hưởng đến chất lượng dịch vụ và sự phát triển bền vững của bệnh viện. Bài viết này cung cấp thông tin chi tiết về các chính sách thuế hiện hành áp dụng cho bệnh viện tại Việt Nam. Cùng ACC Đồng Nai khám phá để đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật.

1. Chính sách thuế đối với bệnh viện mới nhất hiện nay

Các chính sách thuế đối với bệnh viện tại Việt Nam được cập nhật liên tục để phù hợp với bối cảnh kinh tế – xã hội và hội nhập quốc tế. Những quy định này bao gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế nhập khẩu, và các loại phí, lệ phí liên quan. Dựa trên các văn bản pháp luật chính thức như Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phần này sẽ phân tích chi tiết các chính sách thuế mới nhất áp dụng cho bệnh viện.

Theo Khoản 9, Điều 5, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, dịch vụ khám chữa bệnh và phòng bệnh cho người thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Quy định này áp dụng cho các dịch vụ y tế trực tiếp như khám bệnh, điều trị nội trú, ngoại trú, và các dịch vụ chăm sóc sức khỏe tại bệnh viện. Tuy nhiên, các dịch vụ ngoài phạm vi y tế, chẳng hạn như cho thuê mặt bằng, bán thuốc không thuộc gói dịch vụ chữa bệnh, hoặc cung cấp dịch vụ ăn uống trong bệnh viện, sẽ chịu thuế GTGT với mức thuế suất 5%, theo Khoản 2, Điều 9, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15. Từ ngày 01/07/2025, Nghị định 181/2025/NĐ-CP bổ sung quy định miễn thuế GTGT cho hàng hóa nhập khẩu dùng để tài trợ, phòng chống thiên tai, dịch bệnh, giúp bệnh viện tiết kiệm chi phí khi nhận viện trợ quốc tế. Các bệnh viện cần chuẩn bị đầy đủ chứng từ như hợp đồng tài trợ, vận đơn, và phiếu đóng gói để được hưởng ưu đãi này.

Thuế TNDN áp dụng cho các bệnh viện được quy định tại Nghị định 218/2013/NĐ-CP và Thông tư 78/2014/TT-BTC, sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC. Đối với bệnh viện công lập, nếu không xác định được chi phí, thu nhập, thì áp dụng phương pháp tính thuế TNDN theo tỷ lệ 2% trên doanh thu từ hoạt động y tế, theo Khoản 5, Điều 3, Thông tư 78/2014/TT-BTC. Các bệnh viện tư nhân có thể áp dụng phương pháp khấu trừ, với các chi phí hợp lý như mua sắm thiết bị y tế, đào tạo nhân viên, hoặc nghiên cứu khoa học được khấu trừ khi tính thuế TNDN. Ngoài ra, Công văn 145/CT-CS năm 2025 của Cục Thuế làm rõ rằng các bệnh viện phục vụ chính sách xã hội có thể được hưởng mức thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm, theo Điều 13, Nghị định 218/2013/NĐ-CP.

Thuế nhập khẩu thiết bị y tế được quy định tại Nghị định 199/2025/NĐ-CP, sửa đổi Nghị định 26/2023/NĐ-CP về biểu thuế xuất nhập khẩu ưu đãi. Các thiết bị y tế nhập khẩu phục vụ khám chữa bệnh, nằm trong danh mục do Bộ Y tế ban hành (Thông tư 14/2018/TT-BYT), được miễn thuế nhập khẩu. Quy định này giúp giảm chi phí đầu tư ban đầu cho các bệnh viện mới thành lập hoặc nâng cấp cơ sở vật chất. Tuy nhiên, các thiết bị không thuộc danh mục này sẽ chịu thuế nhập khẩu theo mức thuế suất thông thường, tùy thuộc vào loại hàng hóa.

Ngoài ra, các bệnh viện phải nộp lệ phí môn bài theo Nghị định 139/2016/NĐ-CP, với mức từ 2.000.000 đến 3.000.000 đồng/năm, tùy thuộc vào vốn điều lệ hoặc quy mô hoạt động. Nếu bệnh viện thực hiện quảng cáo dịch vụ y tế, cần tuân thủ Thông tư 18/2025/TT-BYT, yêu cầu cấp giấy xác nhận nội dung quảng cáo và nộp phí thẩm định theo quy định.

2. Quy trình kê khai và nộp thuế cho bệnh viện

Quy trình kê khai và nộp thuế là yếu tố quan trọng giúp bệnh viện đảm bảo tính minh bạch tài chính và tránh các rủi ro pháp lý. Quy trình này được thực hiện theo các bước cụ thể, dựa trên Thông tư 156/2013/TT-BTC, Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Trước tiên, bệnh viện cần đăng ký phương pháp tính thuế GTGT với cơ quan thuế, theo Điều 11, Thông tư 156/2013/TT-BTC. Các phương pháp bao gồm phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp. Đối với các bệnh viện có doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm, có thể thuộc diện không chịu thuế GTGT, theo Khoản 25, Điều 5, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15. Quá trình đăng ký được thực hiện ngay khi bệnh viện nhận mã số thuế, thông qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Các giấy tờ cần chuẩn bị bao gồm giấy phép hoạt động, điều lệ tổ chức, và thông tin tài khoản ngân hàng.

Tiếp theo, bệnh viện phải lập và phát hành hóa đơn điện tử cho các giao dịch chịu thuế GTGT, như bán thuốc ngoài gói dịch vụ hoặc cho thuê mặt bằng, theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Hóa đơn điện tử cần ghi rõ thông tin về dịch vụ, thuế suất (thường là 5% đối với thiết bị y tế hoặc dịch vụ chịu thuế), và kèm bảng kê chi tiết nếu cần. Công văn 587/TCT-CS của Tổng cục Thuế nhấn mạnh rằng hóa đơn điện tử không được sử dụng bảng kê giấy đính kèm, trừ các trường hợp đặc thù quy định tại Điểm a, Khoản 6, Điều 10, Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Bệnh viện cần sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử tích hợp, như MISA meInvoice, để đảm bảo tuân thủ quy định.

Việc kê khai và nộp thuế được thực hiện định kỳ, hàng tháng hoặc hàng quý, theo Thông tư 151/2014/TT-BTC. Hồ sơ kê khai bao gồm tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT), tờ khai thuế TNDN tạm tính (mẫu 01A/TNDN), và các chứng từ liên quan như hóa đơn đầu vào, đầu ra. Thời hạn nộp tờ khai là ngày 20 của tháng tiếp theo đối với kê khai hàng tháng, hoặc ngày 30 của tháng đầu quý tiếp theo đối với kê khai hàng quý. Nộp thuế được thực hiện qua hệ thống ngân hàng hoặc cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế.

Cuối năm tài chính, bệnh viện phải thực hiện quyết toán thuế TNDN theo Điều 16, Thông tư 151/2014/TT-BTC. Hồ sơ quyết toán bao gồm báo cáo tài chính, tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN), và các phụ lục về chi phí được khấu trừ. Nếu phát sinh sai sót trong kê khai, bệnh viện cần nộp bổ sung và giải trình với cơ quan thuế để tránh bị xử phạt, theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Xem thêm: 1Mức phạt nếu không kê khai thuế khi mới thành lập công ty2>Mức phạt nếu không kê khai thuế khi mới thành lập công ty

3. Ưu đãi thuế và các lưu ý quan trọng

Các bệnh viện tại Việt Nam có thể tận dụng nhiều ưu đãi thuế để giảm chi phí vận hành, nhưng cần lưu ý các quy định để tránh vi phạm. Những ưu đãi này được quy định trong Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, Nghị định 181/2025/NĐ-CP, và Nghị định 218/2013/NĐ-CP.

Ưu đãi thuế GTGT bao gồm miễn thuế cho dịch vụ khám chữa bệnh và hàng hóa nhập khẩu phục vụ tài trợ, phòng chống thiên tai, dịch bệnh, theo Khoản 9 và 26, Điều 5, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15. Các bệnh viện nhận viện trợ quốc tế cần cung cấp đầy đủ chứng từ như hợp đồng tài trợ, vận đơn, và phiếu đóng gói để được hưởng ưu đãi. Từ ngày 01/07/2025, Nghị định 181/2025/NĐ-CP làm rõ các trường hợp không chịu thuế GTGT, bao gồm cả quà tặng cho cơ quan nhà nước hoặc đơn vị vũ trang nhân dân trong định mức miễn thuế nhập khẩu.

Về thuế TNDN, các bệnh viện phục vụ chính sách xã hội, như bệnh viện công lập hoặc bệnh viện ở khu vực khó khăn, có thể được hưởng mức thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm, theo Điều 13, Nghị định 218/2013/NĐ-CP. Các khoản chi phí hợp lý, như chi phí đào tạo nhân viên y tế, mua sắm thiết bị y tế, hoặc nghiên cứu khoa học, đều được khấu trừ khi tính thuế TNDN, giúp giảm gánh nặng tài chính cho bệnh viện.

Khi kê khai thuế, bệnh viện cần đảm bảo các chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các giao dịch trên 5 triệu đồng để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, theo Điều 14, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và Điều 26, Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Các khoản thu từ dịch vụ ngoài y tế, như căng tin hoặc bãi đỗ xe, cần được hạch toán riêng để áp dụng đúng thuế suất. Việc không tuân thủ có thể dẫn đến xử phạt hành chính, với mức phạt từ 10 triệu đến 100 triệu đồng, theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Từ ngày 01/07/2025, Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu các bệnh viện cập nhật quy trình kế toán và kê khai thuế phù hợp với các thay đổi mới, như việc lược bỏ một số đối tượng không chịu thuế GTGT (chẳng hạn, thiết bị phục vụ sản xuất nông nghiệp). Bệnh viện cần rà soát danh mục thiết bị y tế nhập khẩu để đảm bảo áp dụng đúng quy định thuế.

>>>Xem thêm tại đây Dịch vụ tư vấn thuế tại Đồng Nai uy tín, chuyên nghiệp

4. Câu hỏi thường gặp

Thuế TNDN cho bệnh viện công lập được tính như thế nào?

Theo Công văn 145/CT-CS năm 2025, bệnh viện công lập áp dụng phương pháp tính thuế TNDN theo tỷ lệ 2% trên doanh thu nếu không xác định được chi phí, thu nhập, theo Khoản 5, Điều 3, Thông tư 78/2014/TT-BTC. Nếu xác định được chi phí hợp lệ, bệnh viện có thể áp dụng phương pháp khấu trừ để tối ưu hóa thuế, đảm bảo các chi phí như mua sắm thiết bị y tế được khấu trừ đầy đủ.

Hóa đơn điện tử cho bệnh viện được lập như thế nào?

Bệnh viện phải phát hành hóa đơn điện tử cho các dịch vụ chịu thuế GTGT, như bán thuốc ngoài gói dịch vụ hoặc cho thuê mặt bằng. Hóa đơn cần ghi rõ thuế suất 5%, kèm bảng kê chi tiết nếu cần, và được phát hành qua phần mềm như MISA meInvoice. Quy định này bắt buộc từ 01/07/2022, giúp đảm bảo minh bạch tài chính và tuân thủ pháp luật.

Bệnh viện có được miễn thuế nhập khẩu thiết bị y tế không?

Theo Nghị định 199/2025/NĐ-CP, thiết bị y tế nhập khẩu thuộc danh mục do Bộ Y tế ban hành (Thông tư 14/2018/TT-BYT) được miễn thuế nhập khẩu. Bệnh viện cần cung cấp giấy phép nhập khẩu hoặc giấy chứng nhận đăng ký lưu hành để được hưởng ưu đãi, giúp giảm chi phí đầu tư ban đầu cho cơ sở vật chất.

Việc nắm vững chính sách thuế đối với bệnh viện không chỉ giúp các cơ sở y tế tuân thủ đúng quy định pháp luật mà còn tối ưu hóa chi phí, từ đó nâng cao chất lượng dịch vụ và khả năng cạnh tranh. Để được hỗ trợ chi tiết và đảm bảo tuân thủ đúng các quy định thuế, hãy liên hệ ACC Đồng Nai để nhận tư vấn chuyên sâu từ các chuyên gia pháp lý hàng đầu.