Giao dịch giữa công ty mẹ và chi nhánh là hoạt động thường xuyên trong các doanh nghiệp có quy mô lớn. Tuy nhiên, việc công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh trong trường hợp nào là đúng luật, trường hợp nào chỉ cần phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ vẫn là bài toán gây đau đầu cho nhiều kế toán. Sai sót trong việc này có thể dẫn đến rủi ro bị truy thu thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính. Bài viết dưới đây ACC Đồng Nai sẽ giúp bạn làm rõ các quy định mới nhất để thực hiện chính xác.

1. Công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh trong những trường hợp nào?

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ, công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh được phép trong các giao dịch nội bộ có phát sinh nghĩa vụ thuế.

Cụ thể, hóa đơn GTGT phải được lập khi có chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, ngay cả giữa các đơn vị nội bộ. Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế GTGT nhấn mạnh rằng, đối với chi nhánh hạch toán độc lập, hóa đơn nội bộ phải tuân thủ nguyên tắc giá thị trường để tránh chuyển giá.

1.1. Trường hợp điều chuyển hàng hóa để bán

Khi công ty mẹ điều chuyển hàng hóa cho chi nhánh để bán ra thị trường bên ngoài, phải xuất hóa đơn GTGT theo điểm d khoản 3 Điều 13 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Thời điểm lập hóa đơn là khi chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa, không phụ thuộc vào việc thu tiền.

Chi nhánh sẽ sử dụng hóa đơn này để kê khai thuế đầu ra khi bán cho khách hàng, đồng thời khấu trừ thuế đầu vào từ công ty mẹ. Nếu chi nhánh hạch toán phụ thuộc, có thể dùng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ ban đầu, nhưng hóa đơn GTGT vẫn cần lập khi hàng hóa được bán thực tế.

1.2. Trường hợp cung cấp dịch vụ nội bộ giữa công ty mẹ và chi nhánh

Công ty mẹ cung cấp dịch vụ quản lý, hỗ trợ kỹ thuật hoặc dịch vụ nội bộ khác cho chi nhánh phải xuất hóa đơn GTGT theo quy định tại Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Theo Luật Thuế GTGT 2024, dịch vụ nội bộ phát sinh thuế suất 10% (hoặc 0% nếu áp dụng), và hóa đơn phải ghi rõ nội dung dịch vụ, giá trị theo nguyên tắc thị trường. Chi nhánh hạch toán độc lập sẽ kê khai khấu trừ thuế đầu vào từ hóa đơn này.

1.3. Xuất hàng hóa dưới hình thức biếu, tặng, quảng cáo cho chi nhánh

Theo khoản 2 Điều 3 Luật Thuế GTGT 2024, hàng hóa biếu tặng, quảng cáo nội bộ cho chi nhánh vẫn phải xuất hóa đơn GTGT, với giá tính thuế là giá hàng cùng loại hoặc tương đương tại thời điểm phát sinh. Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định rõ, không được miễn thuế cho các giao dịch này để đảm bảo tính minh bạch, tránh lạm dụng chi phí khấu trừ. Phiếu xuất kho nội bộ chỉ dùng cho luân chuyển tạm thời, không thay thế hóa đơn khi có yếu tố biếu tặng.

2. Quy định về hóa đơn điện tử nội bộ giữa công ty mẹ và chi nhánh

Từ năm 2022, hóa đơn điện tử là bắt buộc theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC. Đến năm 2025, Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu đồng bộ dữ liệu hóa đơn nội bộ thời gian thực trên hệ thống Tổng cục Thuế, giúp cơ quan thuế giám sát giao dịch giữa công ty mẹ và chi nhánh dễ dàng hơn. Hóa đơn phải có mã của cơ quan thuế, ký số điện tử, và chi nhánh phụ thuộc khác tỉnh cần tuân thủ Thông tư 80/2021/TT-BTC về phân bổ thuế GTGT địa phương.

Đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc, hóa đơn nội bộ không phát sinh doanh thu riêng nhưng vẫn cần lập để theo dõi chi phí. Nếu có ảnh hưởng đến thuế thu nhập doanh nghiệp, giá giao dịch phải theo nguyên tắc thị trường theo quy định cập nhật năm 2025.

3. Thủ tục và hồ sơ chứng từ cần thiết khi luân chuyển hàng hóa

Quy trình luân chuyển hàng hóa nội bộ giữa công ty mẹ và chi nhánh phải đảm bảo chứng từ đầy đủ theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Dưới đây là các hồ sơ cần chuẩn bị:

• Lệnh điều động hàng hóa nội bộ của ban giám đốc.
• Hợp đồng dịch vụ nội bộ (nếu là cung cấp dịch vụ).
• Hóa đơn điện tử hoặc Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ (mẫu điện tử).
• Chứng từ vận chuyển hàng hóa (vận đơn, hợp đồng thuê xe).

3.1. Sử dụng hóa đơn GTGT

Hóa đơn GTGT áp dụng cho chi nhánh hạch toán độc lập hoặc khi có doanh thu thực tế. Thủ tục: Lập hóa đơn tại thời điểm chuyển giao, gửi dữ liệu điện tử cho Tổng cục Thuế, và chi nhánh kê khai khấu trừ.

3.2. Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ

Dùng cho chi nhánh hạch toán phụ thuộc, không phát sinh thuế ngay. Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phiếu này chỉ tạm thời; hóa đơn GTGT phải lập khi hàng hóa bán ra, dựa trên bảng kê từ chi nhánh.

4. Cách kê khai thuế GTGT đối với hóa đơn nội bộ mẹ – con

Theo Luật Thuế GTGT 2024, công ty mẹ kê khai thuế đầu ra từ hóa đơn xuất cho chi nhánh, trong khi chi nhánh khấu trừ đầu vào nếu hạch toán độc lập. Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu kê khai theo tháng hoặc quý, với dữ liệu đồng bộ điện tử. Đối với chi nhánh phụ thuộc khác tỉnh, phân bổ thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC để nộp tại địa phương.

• Bước 1: Lập hóa đơn điện tử và gửi dữ liệu cho Tổng cục Thuế.
• Bước 2: Công ty mẹ kê khai doanh thu nội bộ trên tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT).
• Bước 3: Chi nhánh kê khai khấu trừ trên tờ khai riêng nếu độc lập, hoặc tổng hợp vào báo cáo mẹ.
• Bước 4: Lưu trữ chứng từ ít nhất 10 năm theo quy định.

5. Những rủi ro pháp lý thường gặp khi xuất sai hóa đơn nội bộ

Sai sót trong công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh có thể dẫn đến xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (cập nhật bởi Luật Thuế GTGT 2024).

Phạt từ 10-20 triệu đồng nếu không lập hóa đơn khi bán hàng/dịch vụ nội bộ; truy thu thuế nếu coi là trốn tránh nghĩa vụ. Ngoài ra, rủi ro chuyển giá nội bộ theo quy định năm 2025 có thể dẫn đến điều chỉnh thuế TNDN lên đến 20%.

Xem thêm: Hướng dẫn tra cứu hoá đơn tiền điện nhanh chóng, chính xác

6. Dịch vụ tư vấn kế toán và thuế chuyên nghiệp tại ACC Đồng Nai

Việc quản lý hóa đơn nội bộ giữa công ty mẹ và chi nhánh đòi hỏi sự chính xác tuyệt đối để tránh rủi ro thanh tra thuế. Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc thiết lập quy trình này, hãy liên hệ ngay với ACC Đồng Nai để được các chuyên gia kế toán thuế hàng đầu tư vấn giải pháp tối ưu nhất!

>>>> Nếu Quý khách hàng có nhu cầu về Dịch vụ thành lập công ty doanh nghiệp trọn gói, giá rẻ, hãy liên hệ ngay đến Hotline/Zalo để được tư vấn chính xác nhất.

7. Câu hỏi thường gặp

Chi nhánh phụ thuộc có được xuất hóa đơn ngược lại cho công ty mẹ không?

Có, nếu chi nhánh cung cấp dịch vụ hoặc hàng hóa ngược lại cho công ty mẹ phục vụ hoạt động kinh doanh thì chi nhánh vẫn thực hiện xuất hóa đơn và kê khai thuế theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Luật Thuế GTGT 2024.

Xuất hàng cho chi nhánh để làm quà tặng có phải xuất hóa đơn không?

Theo quy định hiện hành, hàng hóa dùng để biếu tặng (kể cả tặng nội bộ cho chi nhánh) đều phải xuất hóa đơn GTGT, giá tính thuế là giá của hàng hóa cùng loại hoặc tương đương tại thời điểm phát sinh, theo khoản 2 Điều 3 Luật Thuế GTGT 2024.

Nếu dùng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ thì khi nào mới xuất hóa đơn?

Khi hàng hóa thực tế được chi nhánh bán ra cho khách hàng bên ngoài, lúc này căn cứ vào thông báo lượng hàng đã bán, công ty mẹ sẽ thực hiện xuất hóa đơn GTGT cho chi nhánh để làm căn cứ hạch toán doanh thu và thuế, theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Trường hợp nào công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh?

Công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh khi thực hiện giao hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ cho chi nhánh, và việc xuất hóa đơn này phụ thuộc vào các quy định về thời điểm lập hóa đơn và hạch toán kế toán theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Doanh nghiệp không xuất hoá đơn thì có bị xử phạt không?

Có, doanh nghiệp không xuất hóa đơn sẽ bị xử phạt theo quy định của pháp luật, với mức phạt khác nhau tùy thuộc vào loại hành vi vi phạm, từ 500.000 – 20.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Việc công ty mẹ xuất hóa đơn cho chi nhánh phụ thuộc vào quy định cụ thể của pháp luật và chính sách nội bộ của công ty. Do đó, doanh nghiệp cần nắm rõ các quy định liên quan để thực hiện đúng cách, tránh rủi ro pháp lý và đảm bảo sự minh bạch trong hoạt động tài chính. ACC Đồng Nai hy vọng bài viết này đem lại nhiều thông tin bổ ích cho quý khách hàng.