Dịch vụ khám sức khỏe có chịu thuế GTGT không? Đây là câu hỏi mà nhiều cơ sở y tế, doanh nghiệp và cá nhân thường xuyên đặt ra khi thực hiện các hoạt động khám chữa bệnh. Việc nắm rõ quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT) không chỉ đảm bảo tuân thủ pháp luật mà còn giúp tối ưu hóa chi phí và bảo vệ quyền lợi của người sử dụng dịch vụ. Cùng ACC Đồng Nai tìm hiểu vấn đề này qua nội dung dưới đây.

1. Thuế GTGT trong lĩnh vực y tế là gì?

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một loại thuế gián thu, được áp dụng trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ trong quá trình sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng. Trong lĩnh vực y tế, việc áp dụng thuế GTGT đối với các dịch vụ như khám sức khỏe, chữa bệnh hay cung ứng thiết bị y tế luôn là vấn đề được quan tâm đặc biệt. Hiểu rõ các quy định này không chỉ giúp các cơ sở y tế tuân thủ đúng pháp luật mà còn đảm bảo quyền lợi cho bệnh nhân và tối ưu hóa hoạt động kinh doanh.

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2025), các quy định về đối tượng chịu thuế và không chịu thuế GTGT được làm rõ, đặc biệt trong lĩnh vực y tế. Các văn bản hướng dẫn như Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC cung cấp chi tiết về cách áp dụng thuế GTGT, từ đó tạo cơ sở pháp lý để các cơ sở y tế thực hiện đúng quy định. Đặc biệt, các dịch vụ y tế như khám sức khỏe được quy định cụ thể về trường hợp không chịu thuế, nhằm giảm gánh nặng tài chính cho người dân.

2. Dịch vụ khám sức khỏe có chịu thuế GTGT không?

Câu hỏi “Dịch vụ khám sức khỏe có chịu thuế GTGT không?” là một trong những vấn đề được quan tâm hàng đầu bởi các cơ sở y tế và bệnh nhân. Để trả lời câu hỏi này, cần xem xét các quy định cụ thể trong pháp luật Việt Nam hiện hành, đặc biệt là các văn bản pháp luật mới nhất. Dưới đây là phân tích chi tiết về tình trạng chịu thuế GTGT của dịch vụ khám sức khỏe, dựa trên các căn cứ pháp lý chính thức.

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, dịch vụ y tế, bao gồm khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người, thuộc nhóm đối tượng không chịu thuế GTGT. Điều này có nghĩa là các dịch vụ khám sức khỏe, dù được thực hiện tại bệnh viện công, phòng khám tư nhân hay các cơ sở y tế được cấp phép, đều không phải chịu thuế GTGT. Quy định này nhằm khuyến khích người dân tiếp cận các dịch vụ y tế thiết yếu mà không bị tăng thêm chi phí do thuế.

Thông tư 130/2016/TT-BTC, hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP, đã làm rõ hơn phạm vi áp dụng đối tượng không chịu thuế GTGT, bao gồm các dịch vụ như xét nghiệm, chiếu chụp, vận chuyển bệnh nhân, và chăm sóc sức khỏe tại nhà. Do đó, nếu dịch vụ khám sức khỏe được thực hiện bởi bác sĩ có chứng chỉ hành nghề hợp pháp và thuộc danh mục dịch vụ y tế được Bộ Y tế công nhận, thì dịch vụ này không phải chịu thuế GTGT.

Tuy nhiên, trong một số trường hợp, nếu dịch vụ khám sức khỏe đi kèm với việc cung ứng thuốc hoặc thiết bị y tế không nằm trong gói dịch vụ chữa bệnh, thì các khoản này có thể phải chịu thuế GTGT. Cụ thể, theo khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 43/2021/TT-BTC), các loại thuốc chữa bệnh, thiết bị y tế như máy soi, máy chụp, hoặc dụng cụ y tế chuyên dụng sẽ chịu thuế suất GTGT 5% nếu không thuộc gói dịch vụ chữa bệnh. Điều này đòi hỏi các cơ sở y tế cần tách bạch rõ ràng các khoản thu khi lập hóa đơn.

Ngoài ra, các dịch vụ khám sức khỏe kết hợp với yếu tố thẩm mỹ, như chỉnh hình hoặc làm đẹp không liên quan đến chẩn đoán, điều trị bệnh, sẽ chịu thuế GTGT với mức thuế suất 10%. Theo khoản 2 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các dịch vụ không thuộc danh mục y tế thiết yếu sẽ không được miễn thuế GTGT. Do đó, các cơ sở y tế cần phân biệt rõ ràng giữa dịch vụ y tế và dịch vụ thẩm mỹ để áp dụng đúng quy định thuế.

Xem thêm: Doanh nghiệp mới thành lập có được hoàn thuế GTGT hay không?

3. Quy trình xuất hóa đơn cho dịch vụ khám sức khỏe

Việc xuất hóa đơn cho dịch vụ khám sức khỏe là một bước quan trọng để đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật. Quy trình này cần tuân thủ các quy định tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC về hóa đơn điện tử. Dưới đây là các bước cụ thể để thực hiện quy trình này, đảm bảo đáp ứng đầy đủ yêu cầu pháp lý.

Bước 1: Xác định tính chất dịch vụ
Trước khi xuất hóa đơn, cơ sở y tế cần xác định rõ dịch vụ khám sức khỏe có thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT hay không. Nếu dịch vụ được thực hiện theo quy định của Bộ Y tế và thuộc danh mục dịch vụ y tế, hóa đơn sẽ ghi rõ “không chịu thuế GTGT”. Trong trường hợp dịch vụ đi kèm bán thuốc hoặc thiết bị y tế không thuộc gói dịch vụ chữa bệnh, cần tách riêng các khoản này và áp dụng mức thuế suất 5%, theo khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Bước 2: Lập hóa đơn điện tử
Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, các cơ sở y tế phải sử dụng hóa đơn điện tử khi cung cấp dịch vụ khám sức khỏe. Hóa đơn cần ghi rõ các thông tin như tên, địa chỉ của cơ sở y tế, thông tin bệnh nhân (nếu có), nội dung dịch vụ, số tiền, và thuế GTGT (nếu áp dụng). Đối với dịch vụ không chịu thuế GTGT, hóa đơn cần ghi chú rõ ràng “không chịu thuế GTGT” để tránh nhầm lẫn trong quá trình kiểm tra thuế.

Bước 3: Gửi hóa đơn và lưu trữ
Sau khi lập hóa đơn, cơ sở y tế gửi hóa đơn điện tử cho bệnh nhân qua email hoặc các nền tảng số được quy định. Hóa đơn cần được lưu trữ tại cơ sở y tế để phục vụ công tác kiểm tra, giám sát của cơ quan thuế. Nếu bệnh nhân không lấy hóa đơn, cơ sở y tế vẫn phải lập hóa đơn và ghi chú “người mua không lấy hóa đơn” theo Thông tư 130/2016/TT-BTC. Việc lưu trữ hóa đơn cần tuân thủ quy định tại khoản 2 Điều 19 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 4: Báo cáo thuế
Cơ sở y tế cần kê khai thuế GTGT theo đúng thời hạn, chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo (đối với khai thuế theo tháng) hoặc ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo (đối với khai thuế theo quý), theo khoản 3 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019. Các khoản thu từ dịch vụ khám sức khỏe không chịu thuế GTGT sẽ được kê khai riêng để cơ quan thuế kiểm soát, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý thuế.

>>> Xem thêm tại đây Dịch vụ hoàn thuế GTGT tại Đồng Nai

4. Các lưu ý quan trọng khi áp dụng thuế GTGT cho dịch vụ y tế

Việc áp dụng thuế GTGT trong lĩnh vực y tế đòi hỏi sự cẩn trọng để tránh vi phạm pháp luật và đảm bảo quyền lợi cho cả cơ sở y tế lẫn bệnh nhân. Dưới đây là một số lưu ý quan trọng mà các cơ sở y tế cần nắm rõ để thực hiện đúng quy định.

Các dịch vụ y tế như khám sức khỏe, chữa bệnh, phòng bệnh, chăm sóc người cao tuổi, hoặc người khuyết tật đều thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nhưng phải được thực hiện bởi các cơ sở y tế được cấp phép và bác sĩ có chứng chỉ hành nghề hợp pháp. Nếu không đáp ứng các điều kiện này, dịch vụ có thể bị coi là không thuộc danh mục miễn thuế, theo khoản 9 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Điều này yêu cầu các cơ sở y tế tư nhân phải kiểm tra kỹ lưỡng giấy phép hoạt động và chứng chỉ hành nghề của đội ngũ y bác sĩ.

Đối với các thiết bị y tế hoặc thuốc bán lẻ không nằm trong gói dịch vụ chữa bệnh, cơ sở y tế cần lập hóa đơn riêng và áp dụng thuế suất GTGT 5%. Ví dụ, nếu bệnh nhân mua thuốc theo toa ngoài gói khám chữa bệnh, khoản thu này sẽ chịu thuế GTGT theo khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC. Việc tách bạch các khoản thu này giúp tránh nhầm lẫn khi kê khai thuế và đảm bảo tuân thủ pháp luật.

Các cơ sở y tế tư nhân hoạt động dưới hình thức hộ kinh doanh có doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm (từ 01/01/2026, theo khoản 2 Điều 25 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024) sẽ không phải nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, nếu doanh thu vượt ngưỡng này, cần thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp tính trực tiếp, tùy thuộc vào quy mô và hình thức kinh doanh.

Việc sử dụng hóa đơn điện tử là bắt buộc theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Các cơ sở y tế cần đảm bảo hệ thống hóa đơn điện tử đáp ứng các yêu cầu kỹ thuật và pháp lý để tránh bị xử phạt. Theo khoản 4 Điều 13 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các trường hợp vi phạm về hóa đơn điện tử có thể bị phạt từ 4 triệu đến 8 triệu đồng, do đó cần đặc biệt chú ý đến việc lập và lưu trữ hóa đơn đúng quy định.

5. Câu hỏi thường gặp

Dưới đây là một số câu hỏi thường gặp liên quan đến việc áp dụng thuế GTGT đối với dịch vụ khám sức khỏe, kèm câu trả lời chi tiết để làm rõ các vấn đề phổ biến:

Dịch vụ khám sức khỏe định kỳ cho doanh nghiệp có chịu thuế GTGT không?

Dịch vụ khám sức khỏe định kỳ cho doanh nghiệp, nếu được thực hiện bởi cơ sở y tế được cấp phép và thuộc danh mục dịch vụ y tế theo quy định của Bộ Y tế, sẽ không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, nếu dịch vụ này bao gồm các yếu tố thẩm mỹ hoặc cung ứng thiết bị y tế riêng lẻ, thì các khoản này có thể chịu thuế suất 5% hoặc 10%, tùy thuộc vào bản chất dịch vụ, theo khoản 2 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Thuốc bán trong gói dịch vụ khám chữa bệnh có phải chịu thuế GTGT không?

Theo Thông tư 130/2016/TT-BTC, nếu thuốc được sử dụng trong gói dịch vụ khám chữa bệnh theo quy định của Bộ Y tế, thì khoản thu từ thuốc sẽ không chịu thuế GTGT. Ngược lại, nếu thuốc được bán lẻ riêng lẻ, không thuộc gói dịch vụ, thì sẽ chịu thuế suất GTGT 5%, theo khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Cơ sở y tế tư nhân có phải nộp thuế GTGT không?

Cơ sở y tế tư nhân cung cấp dịch vụ khám sức khỏe thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện về cấp phép và danh mục dịch vụ y tế. Tuy nhiên, các hoạt động kinh doanh khác như bán thiết bị y tế, thuốc lẻ, hoặc dịch vụ thẩm mỹ sẽ phải chịu thuế GTGT theo mức thuế suất tương ứng, theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Hóa đơn dịch vụ khám sức khỏe cần ghi những thông tin gì?

Hóa đơn dịch vụ khám sức khỏe cần ghi rõ thông tin cơ sở y tế, thông tin bệnh nhân (nếu có), nội dung dịch vụ, số tiền, và ghi chú “không chịu thuế GTGT” nếu dịch vụ thuộc đối tượng miễn thuế. Đối với các khoản chịu thuế, cần ghi rõ thuế suất GTGT (5% hoặc 10%) theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC.

Việc hiểu rõ các quy định về thuế GTGT đối với dịch vụ khám sức khỏe không chỉ giúp các cơ sở y tế tuân thủ pháp luật mà còn đảm bảo quyền lợi cho bệnh nhân và tối ưu hóa hoạt động kinh doanh. Dựa trên Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, Nghị định 181/2025/NĐ-CP, và các thông tư hướng dẫn, dịch vụ khám sức khỏe thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nếu được thực hiện đúng quy định của Bộ Y tế. Hãy liên hệ ACC Đồng Nai để nhận giải pháp chuyên nghiệp và nhanh chóng.