Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ là một trong những đối tượng kinh doanh nhỏ lẻ, thường gặp nhiều thắc mắc về nghĩa vụ thuế để tránh vi phạm pháp luật và tối ưu hóa chi phí. Việc nắm rõ quy định nộp thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng luật mà còn tận dụng được các ưu đãi phù hợp, góp phần phát triển bền vững. Cùng ACC Đồng Nai tìm hiểu chi tiết qua bài viết này.

1. Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ nộp thuế bao nhiêu?

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm thường được áp dụng các quy định thuế đơn giản hóa, phù hợp với quy mô hoạt động nhỏ. Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, doanh nghiệp này phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) với mức thuế suất cơ bản là 20%, nhưng có thể được hưởng ưu đãi nếu tổng doanh thu không quá 3 tỷ đồng/năm, giảm xuống còn 15%. Ngoài ra, thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) được quy định tại Thông tư 40/2021/TT-BTC, nơi doanh nghiệp có thể chọn phương pháp kê khai hoặc khoán tùy theo hình thức kinh doanh.

Đối với hộ kinh doanh cá thể – một dạng phổ biến của doanh nghiệp nhỏ – nếu doanh thu từ 100 triệu đồng/năm trở lên, họ phải nộp thuế GTGT và TNCN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu, thường dao động từ 1% đến 5% tùy ngành nghề. Lệ phí môn bài hiện nay vẫn áp dụng với mức từ 300.000 đồng đến 1 triệu đồng/năm tùy vốn điều lệ, nhưng từ ngày 1/1/2026, khoản này sẽ bị bãi bỏ hoàn toàn theo các quy định liên quan. Tổng mức nộp thuế thực tế có thể chỉ chiếm khoảng 5-10% doanh thu sau khi trừ chi phí hợp lý, giúp doanh nghiệp giảm gánh nặng tài chính. Việc tính toán chính xác đòi hỏi xem xét thu nhập chịu thuế sau khi khấu trừ các khoản lỗ hoặc ưu đãi, đảm bảo không bị truy thu sau này.

>> Đọc thêm: Dịch vụ thành lập Doanh nghiệp tư nhân tại Đồng Nai

2. Các loại thuế áp dụng cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm phải đối mặt với một số loại thuế chính, được quy định rõ ràng để phù hợp với quy mô hoạt động. Đầu tiên là thuế GTGT, theo Thông tư 40/2021/TT-BTC, doanh nghiệp có thể áp dụng phương pháp trực tiếp trên doanh thu với tỷ lệ 1-5% tùy lĩnh vực, thay vì phương pháp khấu trừ phức tạp dành cho doanh nghiệp lớn. Điều này giúp đơn giản hóa việc kê khai, đặc biệt khi doanh thu thấp không đòi hỏi hóa đơn điện tử đầy đủ ngay từ đầu.

Tiếp theo, thuế TNDN theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 tập trung vào thu nhập chịu thuế sau khi trừ chi phí hợp lý, với ưu đãi 15% cho doanh nghiệp nhỏ có doanh thu dưới 3 tỷ đồng, áp dụng cho các năm tài chính từ 2025 trở đi. Thuế TNCN áp dụng cho cá nhân đại diện pháp nhân hoặc nhân viên, thường được khấu trừ tại nguồn với mức 10% trên thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên.

Ngoài ra, Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi quy định về hóa đơn chứng từ, yêu cầu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử từ 1/6/2025, nhưng với doanh thu dưới 1 tỷ, có thể được miễn một số thủ tục phức tạp nếu đăng ký phương pháp khoán. Lệ phí môn bài vẫn là khoản bắt buộc hiện tại, nhưng sự bãi bỏ từ 2026 sẽ giảm đáng kể chi phí hành chính. Tổng thể, các loại thuế này được thiết kế để hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ, tránh tình trạng quá tải về thủ tục.

>> Đọc thêm: Dịch vụ tư vấn doanh nghiệp tại Đồng Nai

3. Ưu đãi và miễn giảm thuế dành cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm được hưởng nhiều ưu đãi thuế nhằm khuyến khích phát triển kinh tế địa phương và hỗ trợ startup. Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, mức thuế suất TNDN giảm còn 15% áp dụng cho doanh nghiệp có tổng doanh thu không quá 3 tỷ đồng/năm, giúp tiết kiệm đáng kể so với mức 20% thông thường, đặc biệt khi kết hợp với khấu trừ chi phí đầu tư ban đầu. Về thuế GTGT, Thông tư 40/2021/TT-BTC cho phép áp dụng phương pháp khoán, nơi cơ quan thuế ấn định mức thuế dựa trên doanh thu ước tính, giảm gánh nặng kê khai hàng tháng cho doanh nghiệp nhỏ.

Hộ kinh doanh với doanh thu dưới 100 triệu đồng/năm được miễn hoàn toàn thuế GTGT và TNCN, một ưu đãi lớn giúp duy trì hoạt động mà không lo lắng về nghĩa vụ tài chính. Nghị định 70/2025/NĐ-CP bổ sung quy định linh hoạt về hóa đơn, cho phép doanh nghiệp dưới ngưỡng doanh thu này sử dụng chứng từ đơn giản hơn, tránh chi phí phần mềm hóa đơn điện tử đắt đỏ.

Từ năm 2026, việc bãi bỏ lệ phí môn bài sẽ mang lại lợi ích trực tiếp, ước tính tiết kiệm từ 300.000 đến 1 triệu đồng/năm cho mỗi doanh nghiệp. Những ưu đãi này không chỉ giảm chi phí mà còn khuyến khích đầu tư vào lĩnh vực nông nghiệp, công nghệ hoặc dịch vụ địa phương, nơi doanh nghiệp nhỏ đóng vai trò quan trọng trong nền kinh tế.

4. Quy trình kê khai và nộp thuế cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ

Quy trình kê khai và nộp thuế cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm được đơn giản hóa để dễ dàng thực hiện, theo các quy định tại Thông tư 40/2021/TT-BTC và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15. Doanh nghiệp cần đăng ký phương pháp tính thuế phù hợp ngay từ đầu năm tài chính, có thể là khoán hoặc kê khai, để tránh sai sót sau này.

Bước 1: Đăng ký phương pháp tính thuế

Doanh nghiệp phải nộp hồ sơ đăng ký tại Chi cục Thuế địa phương trong vòng 10 ngày kể từ khi bắt đầu hoạt động. Hồ sơ bao gồm giấy đăng ký kinh doanh, ước tính doanh thu hàng năm và lựa chọn phương pháp (khoán nếu doanh thu dưới 1 tỷ để đơn giản hóa). Việc này giúp cơ quan thuế ấn định mức thuế tạm tính, tránh tình trạng kê khai muộn dẫn đến phạt hành chính từ 2-8 triệu đồng.

Bước 2: Theo dõi và ghi chép doanh thu

Doanh nghiệp cần ghi chép đầy đủ doanh thu hàng tháng qua sổ sách kế toán đơn giản hoặc phần mềm cơ bản, đặc biệt từ 1/6/2025 phải sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Với phương pháp khoán, chỉ cần báo cáo doanh thu thực tế cuối năm để điều chỉnh; nếu kê khai, nộp tờ khai GTGT hàng quý. Quy trình này giúp phát hiện sớm các khoản thu nhập chịu thuế, đảm bảo tuân thủ mà không tốn nhiều thời gian.

Bước 3: Tính toán và nộp thuế

Cuối quý hoặc năm, doanh nghiệp tính thuế dựa trên tỷ lệ quy định: GTGT 1-5%, TNDN 15-20% sau khấu trừ, và nộp qua tài khoản ngân hàng hoặc cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Nếu áp dụng ưu đãi dưới 3 tỷ doanh thu, đính kèm chứng từ chứng minh để được giảm suất. Thời hạn nộp là ngày 20 của tháng sau quý hoặc 90 ngày sau kết thúc năm tài chính, với hình thức phạt chậm nộp 0,03%/ngày.

Bước 4: Kê khai quyết toán cuối năm

Vào cuối năm tài chính, doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán tại cơ quan thuế, điều chỉnh nếu doanh thu thực tế dưới 1 tỷ để hoàn thuế hoặc miễn giảm. Quy trình này bao gồm kiểm tra hóa đơn theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, giúp tránh truy thu và nhận lại số thuế nộp thừa nếu có. Tổng thời gian xử lý thường trong 30 ngày, hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ hoàn tất nhanh chóng.

5. Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ có phải nộp lệ phí môn bài không?

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm hiện vẫn nộp lệ phí môn bài 300.000–1 triệu đồng tùy vốn điều lệ, nhưng từ 1/1/2026 sẽ được bãi bỏ, giảm chi phí hành chính; hạn nộp là trước 30/1 hàng năm.

Phương pháp khoán thuế áp dụng như thế nào cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ?

Phương pháp khoán theo Thông tư 40/2021/TT-BTC áp dụng cho hộ kinh doanh, doanh nghiệp nhỏ, ấn định thuế GTGT và TNCN dựa trên doanh thu ước tính 1–5%. Doanh nghiệp chỉ báo cáo doanh thu cuối năm, đơn giản, phù hợp quy mô dưới 1 tỷ, cần đăng ký trước.

Ưu đãi thuế TNDN cho doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ kéo dài đến khi nào?

Theo Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, doanh nghiệp có tổng doanh thu ≤3 tỷ đồng/năm được áp dụng thuế suất 15% từ 2025, nếu vượt sẽ áp 20%; doanh nghiệp phải chứng minh doanh thu qua báo cáo tài chính để hưởng ưu đãi.

Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ cần nắm vững các quy định thuế để tránh rủi ro pháp lý và tối ưu hóa lợi nhuận, đặc biệt trong giai đoạn chuyển tiếp đến năm 2026 với nhiều thay đổi tích cực. Việc tuân thủ đúng không chỉ giúp doanh nghiệp phát triển mà còn tránh các khoản phạt không đáng có. Để được hỗ trợ tư vấn cụ thể và cập nhật mới nhất, hãy liên hệ ACC Đồng Nai ngay hôm nay. Đội ngũ chuyên gia sẵn sàng đồng hành cùng bạn.