Giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN là một vấn đề quan trọng mà các doanh nghiệp cần chú trọng để tuân thủ đúng quy định pháp luật và tránh rủi ro về thuế. Việc xử lý đúng các giao dịch này không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa nghĩa vụ thuế mà còn đảm bảo tính minh bạch trong báo cáo tài chính. Để hỗ trợ quá trình này, cùng ACC Đồng Nai, doanh nghiệp có thể nhận được tư vấn chuyên sâu và giải pháp hiệu quả.

1. Giao dịch liên kết là gì?

Giao dịch liên kết là các giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết, như công ty mẹ và công ty con, hoặc các doanh nghiệp chịu sự kiểm soát chung. Việc quản lý thuế đối với các giao dịch này được quy định chặt chẽ nhằm ngăn chặn hành vi chuyển giá, đảm bảo doanh nghiệp nộp thuế đúng quy định. Hiểu rõ khái niệm và ý nghĩa của giao dịch liên kết là bước đầu tiên để doanh nghiệp thực hiện quyết toán thuế TNDN chính xác.

Quan hệ liên kết được xác định theo Điều 5, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP, bao gồm các trường hợp như một doanh nghiệp nắm giữ ít nhất 25% vốn góp của doanh nghiệp khác, hoặc các bên cùng chịu sự kiểm soát của một tổ chức/cá nhân. Các giao dịch liên kết bao gồm mua bán, trao đổi, thuê, cho thuê, vay, cho vay, cung cấp dịch vụ, và các hoạt động tài chính khác. Doanh nghiệp cần nhận diện chính xác các giao dịch này để thực hiện kê khai đúng quy định, tránh bị cơ quan thuế ấn định tỷ suất lợi nhuận hoặc truy thu thuế. Việc quản lý giao dịch liên kết không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn giúp doanh nghiệp xây dựng uy tín với cơ quan thuế và đối tác. Các sai sót trong kê khai có thể dẫn đến hậu quả nghiêm trọng như phạt hành chính từ 8-15 triệu đồng theo Điều 13, Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hoặc truy thu thuế và điều chỉnh thu nhập chịu thuế. Vì vậy, doanh nghiệp cần áp dụng các phương pháp xác định giá giao dịch phù hợp để đảm bảo tính minh bạch và hợp pháp. Việc tham khảo Bộ luật Dân sự 2015 cũng hỗ trợ xác định rõ các mối quan hệ hợp đồng hoặc giao dịch tài chính có liên quan, đảm bảo tính pháp lý trong việc xác định các bên liên kết.

2. Cách xử lý giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN

Việc xử lý giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN đòi hỏi doanh nghiệp tuân thủ các bước cụ thể theo quy định pháp luật, đặc biệt là Nghị định 132/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Quy trình này được xây dựng dựa trên Luật Quản lý thuế 2019 và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008, đảm bảo doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, từ việc xác định quan hệ liên kết đến nộp hồ sơ quyết toán.

Bước 1: Xác định quan hệ liên kết và giao dịch liên kết

Doanh nghiệp cần rà soát các giao dịch phát sinh trong kỳ để xác định xem có thuộc phạm vi giao dịch liên kết hay không. Theo Điều 5, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, quan hệ liên kết bao gồm các trường hợp như một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho vay vốn với tỷ lệ vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu và chiếm trên 50% tổng giá trị nợ trung và dài hạn. Việc xác định đúng quan hệ liên kết giúp doanh nghiệp chuẩn bị đầy đủ hồ sơ kê khai, tránh sai sót dẫn đến bị xử phạt. Doanh nghiệp cần tham khảo các quy định trong Bộ luật Dân sự 2015 để xác định rõ các mối quan hệ hợp đồng hoặc giao dịch tài chính có liên quan, đảm bảo tính pháp lý trong việc xác định các bên liên kết. Ngoài ra, Luật Doanh nghiệp 2020 cũng quy định về trách nhiệm của người đại diện theo pháp luật trong việc đảm bảo tính minh bạch của các giao dịch này.

Bước 2: Kê khai thông tin giao dịch liên kết

Doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo các mẫu Phụ lục I, II, III ban hành kèm Nghị định 132/2020/NĐ-CP, được cập nhật bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Các mẫu này phải được nộp cùng tờ khai quyết toán thuế TNDN trước ngày 31/3 của năm tiếp theo (hoặc ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính) theo Điều 44, Luật Quản lý thuế 2019. Phụ lục I yêu cầu cung cấp thông tin chi tiết về các bên liên kết, bao gồm tên, mã số thuế (hoặc số định danh cá nhân từ 1/7/2025 theo Thông tư 86/2024/TT-BTC), và quốc gia cư trú. Việc kê khai cần đảm bảo chính xác, vì sai sót có thể dẫn đến phạt từ 8-15 triệu đồng theo Điều 13, Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Doanh nghiệp cần sử dụng hệ thống thuế điện tử để nộp các mẫu này, đảm bảo tuân thủ thời hạn và quy định, đồng thời lưu ý các hướng dẫn trong Thông tư 78/2014/TT-BTC, được sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC, về việc kê khai thuế TNDN.

Bước 3: Lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

Doanh nghiệp phải lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết trước thời điểm nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN, theo Điều 10, Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Hồ sơ này bao gồm thông tin về chính sách xác định giá, phương pháp áp dụng (như so sánh giá giao dịch độc lập, so sánh tỷ suất lợi nhuận, hoặc phân bổ lợi nhuận), và dữ liệu so sánh với các giao dịch độc lập. Hồ sơ cần được lưu trữ và xuất trình trong vòng 30 ngày khi cơ quan thuế yêu cầu, theo Luật Quản lý thuế 2019. Các phương pháp xác định giá được quy định chi tiết tại Điều 13, 14, 15, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, bao gồm phương pháp giá thị trường, phương pháp lợi nhuận, và phương pháp phân bổ lợi nhuận. Doanh nghiệp cần sử dụng các cơ sở dữ liệu đáng tin cậy như ORIANA hoặc báo cáo tài chính của các công ty niêm yết để đảm bảo tính chính xác. Việc lập hồ sơ cần tuân thủ các hướng dẫn trong Nghị định 20/2025/NĐ-CP, đặc biệt là các cập nhật về yêu cầu sử dụng dữ liệu so sánh trong nước hoặc khu vực để phù hợp với điều kiện kinh tế Việt Nam.

Bước 4: Tính toán chi phí lãi vay được trừ

Đối với các giao dịch liên kết liên quan đến vay vốn, doanh nghiệp cần lưu ý quy định khống chế chi phí lãi vay theo Điều 16, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Tổng chi phí lãi vay được trừ không vượt quá 30% tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng với chi phí lãi vay (sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay) và chi phí khấu hao (EBITDA). Phần chi phí lãi vay không được trừ có thể chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo trong vòng 5 năm, theo Điều 3, Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Việc tính toán cần được thực hiện cẩn thận, sử dụng các công cụ kế toán chính xác để tránh bị cơ quan thuế điều chỉnh. Doanh nghiệp cần lưu ý rằng các giao dịch vay với tổ chức tín dụng theo Luật Các tổ chức tín dụng 2024 có thể áp dụng các quy định đặc thù, đặc biệt khi bên liên kết là ngân hàng hoặc tổ chức tài chính được cấp phép. Thông tư 25/2018/TT-BTC cũng cung cấp hướng dẫn bổ sung về việc tính toán chi phí lãi vay trong trường hợp đặc biệt.

Bước 5: Nộp tờ khai và giải trình khi cần

Tờ khai quyết toán thuế TNDN cùng các phụ lục liên quan phải được nộp đúng hạn qua hệ thống thuế điện tử, theo Điều 44, Luật Quản lý thuế 2019. Nếu cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp cần cung cấp đầy đủ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và các tài liệu liên quan trong thời hạn 30 ngày làm việc, theo Luật Quản lý thuế 2019. Việc chuẩn bị hồ sơ kỹ lưỡng giúp giảm thiểu rủi ro bị truy thu hoặc xử phạt, đồng thời thể hiện sự tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp. Doanh nghiệp nên hợp tác với các đơn vị tư vấn như ACC Đồng Nai để đảm bảo hồ sơ đầy đủ và giải trình hiệu quả, đặc biệt trong các trường hợp cơ quan thuế yêu cầu cung cấp thêm thông tin về dữ liệu so sánh hoặc phương pháp xác định giá.

>>> Xem thêm tại đây Dịch vụ quyết toán thuế TNDN trọn gói chi tiết

3. Các trường hợp được miễn kê khai hoặc lập hồ sơ giao dịch liên kết

Một số doanh nghiệp có thể được miễn kê khai hoặc lập hồ Hawkins hồ sơ giao dịch liên kết nếu đáp ứng các điều kiện cụ thể theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Việc nắm rõ các trường hợp này giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và chi phí trong quá trình quyết toán thuế TNDN.

Theo Điều 19, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp được miễn kê khai xác định giá giao dịch liên kết tại mục III, IV Phụ lục I nếu chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam, áp dụng cùng mức thuế suất và không bên nào được hưởng ưu đãi thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải kê khai căn cứ miễn trừ tại mục I, II Phụ lục I để chứng minh điều kiện miễn trừ. Trường hợp này thường áp dụng cho các doanh nghiệp trong cùng tập đoàn có hoạt động nội bộ đơn giản, như cung cấp dịch vụ nội bộ hoặc mua bán hàng hóa không phức tạp. Doanh nghiệp cũng được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết nếu tổng doanh thu kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng, theo Điều 19, Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Ngoài ra, doanh nghiệp đã ký kết thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) và nộp báo cáo thường niên theo quy định tại Điều 18, Nghị định 132/2020/NĐ-CP cũng được miễn lập hồ sơ. Tuy nhiên, việc kê khai theo Phụ lục I vẫn là bắt buộc để đảm bảo tính minh bạch. Thông tư 78/2014/TT-BTC, sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC, cung cấp hướng dẫn chi tiết về cách xác định điều kiện miễn trừ này.

Đối với doanh nghiệp hoạt động với chức năng đơn giản, không phát sinh doanh thu hoặc chi phí từ tài sản vô hình và có doanh thu dưới 200 tỷ đồng, việc áp dụng tỷ suất lợi nhuận thuần trước lãi vay và thuế TNDN (5% cho phân phối, 10% cho sản xuất, 15% cho gia công) cũng giúp miễn lập hồ sơ, theo Điều 19, Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Các trường hợp miễn trừ này giúp giảm gánh nặng hành chính, nhưng doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ lưỡng để đảm bảo đáp ứng điều kiện, tránh bị cơ quan thuế yêu cầu bổ sung hồ sơ. Việc áp dụng các quy định này cần tuân thủ nghiêm ngặt để tránh vi phạm, đặc biệt khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra theo Điều 142, Luật Quản lý thuế 2019.

4. Những sai sót phổ biến về giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN

Sai sót trong xử lý giao dịch liên kết có thể dẫn đến rủi ro truy thu thuế, phạt hành chính, hoặc điều chỉnh thu nhập chịu thuế. Dưới đây là các lỗi phổ biến và cách doanh nghiệp có thể phòng tránh để đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật.

Một sai sót thường gặp là sử dụng cơ sở dữ liệu so sánh không trung thực hoặc không tương đồng với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Theo thống kê năm 2022, cơ quan thuế đã truy thu 1.054 tỷ đồng từ 597 doanh nghiệp do sai sót trong xác định giá giao dịch liên kết. Doanh nghiệp cần sử dụng dữ liệu từ các nguồn đáng tin cậy, như báo cáo tài chính của công ty niêm yết hoặc cơ sở dữ liệu quốc tế như ORIANA, để đảm bảo tính chính xác. Việc này demands doanh nghiệp phải có quy trình kiểm tra nội bộ chặt chẽ và tham khảo ý kiến chuyên gia nếu cần. Thông tư 25/2018/TT-BTC cung cấp hướng dẫn bổ sung về việc lựa chọn dữ liệu so sánh phù hợp, đặc biệt nhấn mạnh vào việc sử dụng dữ liệu trong nước hoặc khu vực ASEAN để phản ánh đúng điều kiện thị trường Việt Nam.

Việc không nộp đầy đủ các phụ lục I, II, III cùng tờ khai quyết toán thuế TNDN là lỗi phổ biến khác. Theo Điều 13, Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt cho lỗi này dao động từ 8-15 triệu đồng. Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ lưỡng các mẫu biểu và nộp đúng hạn qua hệ thống thuế điện tử để tránh vi phạm. Việc sử dụng phần mềm kế toán tích hợp, như MISA SME, có thể hỗ trợ tự động hóa quá trình này, đảm bảo tuân thủ Điều 44, Luật Quản lý thuế 2019. Doanh nghiệp cũng nên lưu ý các cập nhật trong Nghị định 20/2025/NĐ-CP về việc sử dụng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế từ 1/7/2025, theo Thông tư 86/2024/TT-BTC, để đảm bảo tính đồng bộ trong kê khai.

Sai lầm trong tính toán chi phí lãi vay cũng gây ra nhiều vấn đề. Theo Điều 16, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp cần đảm bảo chi phí lãi vay không vượt quá 30% EBITDA. Doanh nghiệp nên thực hiện kiểm tra nội bộ định kỳ và hợp tác với các chuyên gia tư vấn thuế để đảm bảo tính toán chính xác, tránh bị cơ quan thuế điều chỉnh. Việc áp dụng đúng quy định này cũng cần tham chiếu Luật Các tổ chức tín dụng 2024 trong trường hợp giao dịch vay liên quan đến các tổ chức tài chính được cấp phép.

Cuối cùng, việc không giải trình đầy đủ khi cơ quan thuế yêu cầu có thể dẫn đến ấn định thuế bất lợi. Doanh nghiệp cần lưu trữ hồ sơ giao dịch liên kết cẩn thận và sẵn sàng cung cấp trong vòng 30 ngày làm việc, theo Luật Quản lý thuế 2019. Hợp tác với các đơn vị tư vấn chuyên nghiệp như ACC Đồng Nai giúp doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và giải trình hiệu quả, giảm thiểu rủi ro bị truy thu hoặc xử phạt.

>> Xem thêm: Kiểm toán báo cáo tài chính là gì? trọn gói uy tín

5. Câu hỏi thường gặp

Giao dịch liên kết bao gồm những loại nào?

Giao dịch liên kết bao gồm mua bán, trao đổi, thuê, cho thuê, vay, cho vay, cung cấp dịch vụ, và các giao dịch tài chính khác giữa các bên có quan hệ liên kết, theo Điều 5, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Các giao dịch này không bao gồm hoạt động kinh doanh thuộc phạm vi điều chỉnh giá của Nhà nước. Doanh nghiệp cần xác định rõ để kê khai đúng, tránh vi phạm dẫn đến xử phạt theo Điều 13, Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Doanh nghiệp nhỏ có phải lập hồ sơ giao dịch liên kết không?

Theo Điều 19, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp có tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng được miễn lập hồ sơ xác định giá. Tuy nhiên, họ vẫn phải kê khai thông tin theo Phụ lục I, theo Thông tư 78/2014/TT-BTC. Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ điều kiện để tận dụng quyền miễn trừ này, đảm bảo tuân thủ Luật Quản lý thuế 2019.

Chi phí lãi vay được trừ tính như thế nào?

Chi phí lãi vay được trừ không vượt quá 30% EBITDA, theo Điều 16, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP. EBITDA được tính bằng tổng lợi nhuận thuần cộng chi phí lãi vay (sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay) và chi phí khấu hao. Phần chi phí không được trừ có thể chuyển sang kỳ sau trong 5 năm, theo Điều 3, Nghị định 20/2025/NĐ-CP.

Làm thế nào để tránh bị truy thu thuế do sai sót?

Doanh nghiệp cần sử dụng dữ liệu so sánh đáng tin cậy, nộp đầy đủ phụ lục, và lập hồ sơ xác định giá chính xác. Hợp tác với đơn vị tư vấn như ACC Đồng Nai giúp kiểm tra và tối ưu hóa hồ sơ, giảm rủi ro bị truy thu hoặc xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2019.

Việc xử lý giao dịch liên kết khi quyết toán thuế TNDN là một nhiệm vụ quan trọng, đòi hỏi doanh nghiệp tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật như Nghị định 132/2020/NĐ-CP, Nghị định 20/2025/NĐ-CP, Luật Quản lý thuế 2019, và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008. Để được hỗ trợ chuyên sâu và giải đáp mọi thắc mắc, hãy liên hệ ACC Đồng Nai để nhận tư vấn pháp lý và dịch vụ kế toán chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa nghĩa vụ thuế và vận hành hiệu quả.