Quyết toán thuế doanh nghiệp mới thành lập là thủ tục bắt buộc mà mọi doanh nghiệp mới ra đời phải thực hiện để đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật, tránh các khoản phạt và xây dựng nền tảng tài chính vững chắc. Với sự hỗ trợ chuyên nghiệp, quy trình này sẽ trở nên đơn giản và hiệu quả hơn. Cùng ACC Đồng Nai tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Quy trình quyết toán thuế doanh nghiệp mới thành lập

Quy trình quyết toán thuế đối với các đơn vị mới gia nhập thị trường được thực hiện tuần tự qua các giai đoạn kỹ thuật nhằm đảm bảo tính chính xác và minh bạch của dữ liệu tài chính.

Bước 1: Hệ thống hóa sổ sách và tập hợp chứng từ kế toán

Doanh nghiệp tiến hành thu thập toàn bộ hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra và các biên lai nộp thuế tạm tính phát sinh từ ngày cấp giấy phép kinh doanh đến hết năm tài chính. Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, kế toán phải thực hiện rà soát tính hợp pháp của chứng từ, phân loại các khoản chi phí thành lập và chi phí vận hành để làm cơ sở thiết lập báo cáo tài chính. Việc kiểm kê này giúp phát hiện sớm các sai sót về mã số thuế hoặc thông tin đơn vị trên hóa đơn để kịp thời điều chỉnh trước khi nộp hồ sơ chính thức.

Bước 2: Thiết lập tờ khai quyết toán và báo cáo tài chính

Căn cứ vào dữ liệu đã đối soát, doanh nghiệp thực hiện lập tờ khai quyết toán thuế TNDN theo mẫu số 03/TNDN hoặc 04/TNDN trên phần mềm hỗ trợ kê khai (HTKK). Song song đó, bộ báo cáo tài chính năm bao gồm bảng cân đối kế toán và báo cáo kết quả kinh doanh phải được hoàn thiện đầy đủ các chỉ tiêu, kể cả khi số phát sinh bằng 0. Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý việc điền các phụ lục kèm theo như phụ lục chuyển lỗ hoặc ưu đãi thuế để tối ưu hóa quyền lợi tài chính trong năm đầu hoạt động.

Bước 3: Nộp hồ sơ điện tử và theo dõi xác nhận từ cơ quan thuế

Hồ sơ sau khi hoàn thiện sẽ được ký số và gửi trực tuyến qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (eTax). Sau khi gửi thành công, doanh nghiệp phải theo dõi hệ thống để nhận Thông báo tiếp nhận và Thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế điện tử mẫu 01-2/TB-TĐT. Trường hợp nhận được thông báo không chấp nhận do lỗi kỹ thuật hoặc sai sót số liệu, doanh nghiệp cần khẩn trương điều chỉnh và nộp lại ngay để đảm bảo hồ sơ được ghi nhận đúng thời hạn quy định, tránh phát sinh tiền chậm nộp.

2. Hồ sơ cần chuẩn bị cho quyết toán thuế doanh nghiệp mới thành lập

Việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ không chỉ phục vụ nghĩa vụ kê khai mà còn là bằng chứng pháp lý quan trọng khi cơ quan thuế thực hiện công tác kiểm tra, thanh tra định kỳ.

• Thành phần hồ sơ khai báo thuế TNDN và TNCN

Hồ sơ quyết toán bắt buộc phải có Tờ khai quyết toán thuế TNDN theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC. Nếu doanh nghiệp có chi trả thu nhập cho người lao động trong năm đầu, đơn vị phải nộp thêm Tờ khai quyết toán thuế TNCN theo mẫu 05/QTT-TNCN kèm các phụ lục giảm trừ gia cảnh. Đối với doanh nghiệp mới, các bảng kê chi tiết về tình hình sử dụng hóa đơn và danh mục giao dịch liên kết (nếu có) cũng là những tài liệu không thể tách rời để chứng minh tính minh bạch của dòng tiền.

• Bộ báo cáo tài chính và tài liệu chứng minh chi phí

Báo cáo tài chính năm là tài liệu then chốt, cung cấp cái nhìn tổng thể về sức khỏe tài chính của doanh nghiệp mới thành lập cho cơ quan quản lý. Bộ hồ sơ này bao gồm bảng cân đối kế toán, báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, báo cáo lưu chuyển tiền tệ và bản thuyết minh chi tiết.

Doanh nghiệp cần lưu trữ kèm theo các hợp đồng kinh tế, biên bản bàn giao và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các giao dịch trên 20 triệu đồng để bảo vệ tính hợp lệ của các khoản chi phí được trừ khi quyết toán.

Xem thêm: Mẫu báo cáo quyết toán sử dụng biên lai thuế chi tiết

3. Thời hạn và hình thức nộp quyết toán thuế

Thời hạn và phương thức nộp hồ sơ quyết toán được quy định chặt chẽ nhằm duy trì kỷ luật quản lý nhà nước đối với mọi thành phần kinh tế, đặc biệt là các pháp nhân mới gia nhập thị trường.

• Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán năm 2025

Căn cứ quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp phải hoàn thành việc nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính. Đối với kỳ tính thuế năm 2025, hạn chót nộp hồ sơ là ngày 31/03/2026. Trường hợp doanh nghiệp có kỳ kế toán năm đầu tiên dưới 12 tháng (tính từ ngày cấp phép đến hết ngày 31/12), nghĩa vụ kê khai vẫn phải thực hiện đúng thời hạn nêu trên dựa trên số liệu thực tế phát sinh. Riêng các trường hợp doanh nghiệp thực hiện chia tách, sáp nhập hoặc giải thể trong năm đầu, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán được rút ngắn xuống còn 45 ngày kể từ ngày có quyết định thay đổi trạng thái pháp lý của doanh nghiệp.

• Hình thức nộp hồ sơ qua hệ thống thuế điện tử

Hiện nay, hầu hết các doanh nghiệp mới thành lập đều thực hiện nộp hồ sơ qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (eTax) bằng chữ ký số (Token). Hình thức này không chỉ giúp rút ngắn thời gian giao dịch mà còn đảm bảo tính bảo mật và lưu vết hồ sơ minh bạch trên hệ thống quốc gia.

Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, sau khi truyền dữ liệu thành công, doanh nghiệp cần theo dõi để nhận được Thông báo tiếp nhận và Thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế điện tử. Việc lưu giữ bản in hoặc bản mềm các thông báo này là bằng chứng pháp lý quan trọng nhất để xác nhận doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế đúng quy trình và đúng thời gian quy định.

Xem thêm: Thu nhập vãng lai có phải quyết toán thuế không?

4. Lưu ý quan trọng khi thực hiện quyết toán thuế doanh nghiệp mới

Trong kỳ quyết toán đầu tiên, doanh nghiệp cần chú ý đến sự tương quan giữa số thuế tạm nộp và các quy định về chi phí được trừ để hạn chế tối đa các khoản phạt chậm nộp.

• Kiểm soát tỷ lệ tạm nộp thuế TNDN hàng quý

Một trong những rủi ro tài chính phổ biến đối với doanh nghiệp mới là vi phạm tỷ lệ tạm nộp thuế theo Nghị định 91/2022/NĐ-CP. Quy định yêu cầu tổng số thuế TNDN tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm. Nếu doanh nghiệp nộp thiếu so với ngưỡng này, phần tiền thuế chênh lệch sẽ bị tính tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày tính từ ngày tiếp sau hạn nộp thuế quý 04.

Do đặc thù năm đầu kinh doanh có thể biến động lớn về doanh thu vào giai đoạn cuối năm, doanh nghiệp cần thường xuyên đối soát kết quả kinh doanh để nộp bổ sung tiền thuế tạm tính, tránh gánh nặng lãi chậm nộp tích lũy khi thực hiện quyết toán chính thức.

• Xác định chi phí hợp lý và chính sách chuyển lỗ

Doanh nghiệp mới thành lập thường phát sinh nhiều khoản chi phí chuẩn bị như thuê mặt bằng, trang thiết bị văn phòng, quảng cáo khởi tạo hoặc đào tạo nhân sự. Theo Luật Thuế TNDN 2025, các khoản chi này chỉ được chấp nhận là chi phí được trừ khi có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên. Ngoài ra, nếu năm đầu tiên hoạt động bị lỗ, doanh nghiệp bắt buộc phải kê khai vào Phụ lục chuyển lỗ (mẫu 03-2/TNDN) để được chuyển số lỗ này liên tục vào thu nhập chịu thuế của các năm sau (tối đa không quá 05 năm). Việc bỏ sót khâu kê khai lỗ trong kỳ quyết toán đầu tiên có thể khiến doanh nghiệp mất đi quyền lợi giảm trừ thuế đáng kể cho giai đoạn phát triển về sau.

5. Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp mới thành lập có được miễn nộp báo cáo tài chính nếu chưa phát sinh doanh thu không?

Không. Theo Luật Quản lý thuế 2019, mọi doanh nghiệp đã được cấp mã số thuế đều phải nộp báo cáo tài chính và hồ sơ quyết toán thuế năm dù chưa có doanh thu. Các chỉ tiêu trên báo cáo sẽ được kê khai bằng số 0.

Thời điểm xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ quyết toán điện tử là khi nào? 

Thời điểm nộp hồ sơ được ghi nhận là ngày hệ thống của cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ thành công và gửi Thông báo tiếp nhận cho người nộp thuế. Tuy nhiên, nghĩa vụ chỉ được coi là hoàn tất khi doanh nghiệp nhận được Thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế điện tử (thường gửi trong vòng 02 ngày làm việc).

Làm thế nào để xử lý số lỗ của năm đầu tiên khi thực hiện quyết toán?

Doanh nghiệp phải kê khai số lỗ phát sinh vào Phụ lục chuyển lỗ theo mẫu 03-2/TNDN kèm theo tờ khai quyết toán thuế TNDN. Số lỗ này được chuyển toàn bộ và liên tục vào thu nhập chịu thuế của các năm tiếp theo trong thời gian không quá 05 năm.

Quyết toán thuế doanh nghiệp mới thành lập không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là cơ hội để doanh nghiệp đánh giá hiệu quả hoạt động ban đầu và lập kế hoạch thuế dài hạn. Việc tuân thủ đúng quy trình sẽ giúp tránh các rủi ro không đáng có, đồng thời tận dụng tối đa các ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp trẻ. Để đảm bảo mọi bước được thực hiện chuyên nghiệp và chính xác, hãy liên hệ ACC Đồng Nai ngay hôm nay. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẵn sàng hỗ trợ bạn vượt qua thủ tục một cách dễ dàng, mang lại sự an tâm cho hành trình kinh doanh.