Thuế GTGT đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh là một yếu tố quan trọng mà mọi doanh nghiệp và cá nhân cần hiểu rõ để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa chi phí vận hành.Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các khía cạnh liên quan đến thuế GTGT trong hợp đồng hợp tác kinh doanh, từ căn cứ pháp lý đến quy trình thực hiện, nhằm cung cấp thông tin toàn diện cho bạn đọc. Để nhận được tư vấn chuyên sâu và giải pháp phù hợp, hãy cùng ACC ĐỒNG NAI khám phá ngay sau đây.

1. Hợp đồng hợp tác kinh doanh và vai trò của thuế GTGT

Hợp đồng hợp tác kinh doanh, hay còn gọi là hợp đồng BCC (Business Cooperation Contract), là một hình thức hợp tác phổ biến tại Việt Nam, được nhiều doanh nghiệp và cá nhân lựa chọn để tận dụng nguồn lực chung mà không cần thành lập pháp nhân mới. Để hiểu rõ cách áp dụng thuế GTGT, trước tiên cần làm rõ khái niệm và đặc điểm của loại hợp đồng này theo quy định pháp luật.

Theo Bộ luật Dân sự 2015, hợp đồng hợp tác kinh doanh là sự thỏa thuận giữa các bên, bao gồm cá nhân hoặc tổ chức, để cùng góp vốn, thực hiện hoạt động kinh doanh, và phân chia lợi nhuận theo tỷ lệ đã thỏa thuận mà không cần thành lập doanh nghiệp. Các bên tham gia hợp đồng BCC chịu trách nhiệm độc lập về nghĩa vụ thuế của mình, nhưng thường chỉ định một bên đứng ra kê khai và nộp thuế GTGT thay cho toàn bộ hoạt động hợp tác, theo quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 1/7/2025). Hình thức này thường được áp dụng trong các lĩnh vực như bất động sản, xây dựng, thương mại, hoặc sản xuất, nơi các bên muốn hợp tác để triển khai dự án lớn mà vẫn giữ được sự linh hoạt trong quản lý.

Việc áp dụng thuế GTGT trong hợp đồng hợp tác kinh doanh có vai trò quan trọng trong việc đảm bảo tính minh bạch và hợp pháp của các giao dịch. Thuế GTGT, được quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (Luật số 48/2024/QH15, hiệu lực từ 1/7/2025), là loại thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ trong quá trình sản xuất, lưu thông, và tiêu dùng. Đối với hợp đồng BCC, việc xác định đúng mức thuế suất và thực hiện kê khai thuế chính xác không chỉ giúp các bên tuân thủ pháp luật mà còn hỗ trợ tối ưu hóa chi phí, đặc biệt trong bối cảnh chính sách giảm thuế GTGT được áp dụng từ ngày 1/7/2025 đến 31/12/2026 theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP.

2. Mức thuế GTGT đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh

Mức thuế GTGT đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh là một nội dung trọng tâm, ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí và nghĩa vụ thuế của các bên tham gia. Dựa trên các quy định pháp luật hiện hành, phần này sẽ phân tích chi tiết các mức thuế suất áp dụng và các trường hợp đặc biệt liên quan.

Theo Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thuế GTGT áp dụng cho hợp đồng hợp tác kinh doanh phụ thuộc vào loại hàng hóa hoặc dịch vụ được cung cấp trong hợp đồng. Mức thuế suất phổ biến nhất là 10%, áp dụng cho hầu hết các loại hàng hóa và dịch vụ, như dịch vụ xây dựng, tư vấn, hoặc thương mại. Tuy nhiên, từ ngày 1/7/2025 đến 31/12/2026, Nghị định 174/2025/NĐ-CP quy định giảm thuế GTGT từ 10% xuống 8% cho các hàng hóa, dịch vụ thuộc diện chịu thuế 10%, trừ một số lĩnh vực như viễn thông, tài chính, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm, và kinh doanh bất động sản. Điều này có nghĩa là nếu hợp đồng hợp tác kinh doanh liên quan đến các dịch vụ như xây dựng hoặc tư vấn, mức thuế suất áp dụng sẽ là 8% trong giai đoạn này.

Trong một số trường hợp đặc biệt, mức thuế suất 5% có thể được áp dụng cho các hàng hóa, dịch vụ thiết yếu, chẳng hạn như nước sạch sinh hoạt, thuốc chữa bệnh, hoặc sản phẩm nông nghiệp chưa qua chế biến, theo Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Ngoài ra, nếu hợp đồng hợp tác kinh doanh liên quan đến xuất khẩu hàng hóa hoặc dịch vụ (ví dụ: cung cấp dịch vụ kỹ thuật cho đối tác nước ngoài), mức thuế suất 0% có thể được áp dụng, nhưng phải đáp ứng các điều kiện nghiêm ngặt tại Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, bao gồm có hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng, và bằng chứng dịch vụ được tiêu dùng ngoài Việt Nam.

Đối với các trường hợp không chịu thuế GTGT, như chuyển nhượng quyền sử dụng đất theo Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh không phải kê khai thuế GTGT nhưng vẫn cần lập hóa đơn để theo dõi doanh thu. Tuy nhiên, nếu hợp đồng bao gồm các hoạt động khác như xây dựng hoặc tư vấn liên quan đến bất động sản, các hoạt động này sẽ chịu thuế GTGT theo mức thuế suất tương ứng (8% hoặc 10%, tùy thời điểm).

Một điểm đáng chú ý là trong hợp đồng hợp tác kinh doanh, bên được ủy quyền kê khai thuế GTGT phải chịu trách nhiệm nộp thuế thay cho toàn bộ doanh thu của hoạt động hợp tác, theo Thông tư 69/2025/TT-BTC. Điều này đòi hỏi các bên cần thống nhất rõ ràng trong hợp đồng về trách nhiệm thuế để tránh tranh chấp hoặc sai sót trong quá trình kê khai.

Xem thêm: 1Các trường hợp không kê khai nộp thuế GTGT mới nhất2>Các trường hợp không kê khai nộp thuế GTGT mới nhất

3. Quy trình kê khai và nộp thuế GTGT cho hợp đồng hợp tác kinh doanh

Việc kê khai và nộp thuế GTGT đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh đòi hỏi sự cẩn trọng và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật. Phần này sẽ trình bày chi tiết các bước thực hiện quy trình kê khai và nộp thuế, giúp các bên đảm bảo tính hợp pháp và hiệu quả.

Bước 1: Xác định đối tượng chịu thuế và mức thuế suất áp dụng
Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh cần xác định rõ loại hàng hóa hoặc dịch vụ được cung cấp trong hợp đồng để áp dụng mức thuế GTGT phù hợp. Theo Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các bên phải đối chiếu với danh mục hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 0%, 5%, hoặc 10% (hoặc 8% trong giai đoạn giảm thuế từ 1/7/2025 đến 31/12/2026). Ví dụ, nếu hợp đồng liên quan đến cung cấp dịch vụ tư vấn kỹ thuật, mức thuế suất 8% sẽ được áp dụng trong giai đoạn giảm thuế. Ngược lại, nếu hợp đồng bao gồm chuyển nhượng quyền sử dụng đất, hoạt động này sẽ không chịu thuế GTGT theo Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, nhưng các bên cần lưu ý tách biệt rõ ràng các khoản doanh thu để tránh nhầm lẫn.

Bước 2: Lập và xuất hóa đơn điện tử
Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, bên được ủy quyền trong hợp đồng hợp tác kinh doanh phải lập hóa đơn điện tử cho toàn bộ doanh thu của hoạt động hợp tác. Hóa đơn cần ghi rõ thông tin về bên mua, bên bán, loại hàng hóa hoặc dịch vụ, và mức thuế suất GTGT áp dụng. Trong trường hợp hợp đồng liên quan đến hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, hóa đơn vẫn phải được lập để theo dõi doanh thu hợp lệ, theo Thông tư 32/2025/TT-BTC. Các bên nên sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử uy tín, như MISA meInvoice hoặc E-invoice, để đảm bảo tuân thủ quy định và tích hợp dữ liệu với hệ thống kế toán, giúp giảm thiểu sai sót và tiết kiệm thời gian.

Bước 3: Kê khai và nộp thuế GTGT
Bên được ủy quyền phải thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp tỷ lệ % trên doanh thu, tùy thuộc vào hình thức kinh doanh của mình. Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, hồ sơ kê khai bao gồm tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT hoặc 04/GTGT), bảng kê hóa đơn mua vào, bán ra, và các chứng từ liên quan như hợp đồng hợp tác kinh doanh và chứng từ thanh toán. Thuế GTGT phải được nộp đúng hạn, thường là ngày 20 của tháng tiếp theo (đối với kỳ kê khai tháng) hoặc ngày 30 của tháng đầu quý sau (đối với kỳ kê khai quý). Nếu hợp đồng có doanh thu lớn hoặc kéo dài nhiều kỳ, các bên cần kiểm tra kỹ lưỡng để đảm bảo kê khai đúng và đầy đủ.

Bước 4: Lưu trữ hồ sơ và kiểm tra định kỳ
Sau khi hoàn tất việc nộp thuế, các bên cần lưu trữ toàn bộ hồ sơ liên quan, bao gồm hợp đồng hợp tác kinh doanh, hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán, và các tài liệu kê khai thuế, trong thời hạn tối thiểu 10 năm theo Luật Quản lý thuế 2019. Việc lưu trữ hồ sơ cẩn thận không chỉ giúp tuân thủ quy định pháp luật mà còn hỗ trợ trong trường hợp cơ quan thuế kiểm tra hoặc đối chiếu. Các bên cũng nên định kỳ rà soát với cơ quan thuế để phát hiện và sửa chữa kịp thời các sai sót, đặc biệt đối với các hợp đồng có giá trị lớn hoặc kéo dài qua nhiều năm.

>>>Xem thêm tại đây Dịch vụ hoàn thuế GTGT tại Đồng Nai

4. Câu hỏi thường gặp

Làm thế nào để được hoàn thuế GTGT trong hợp đồng hợp tác kinh doanh?

Theo Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh có thể được hoàn thuế GTGT nếu có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục, hoặc trong các trường hợp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm mẫu 01/HT, hóa đơn, chứng từ thanh toán, và các tài liệu liên quan, nộp qua cổng giao dịch điện tử của cơ quan thuế.

Hợp đồng hợp tác kinh doanh liên quan đến bất động sản có chịu thuế GTGT không?

Chuyển nhượng quyền sử dụng đất trong hợp đồng hợp tác kinh doanh không chịu thuế GTGT theo Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Tuy nhiên, các dịch vụ liên quan như xây dựng, tư vấn, hoặc quản lý dự án bất động sản có thể chịu thuế suất 8% (trong giai đoạn giảm thuế) hoặc 10%, tùy thuộc vào thời điểm thực hiện và quy định cụ thể. Các bên cần tách biệt rõ ràng các khoản doanh thu để áp dụng đúng mức thuế suất.

Làm thế nào để tránh sai sót khi kê khai thuế GTGT trong hợp đồng hợp tác kinh doanh?

Để tránh sai sót, các bên nên sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử như MISA meInvoice hoặc E-invoice để tự động hóa quy trình lập hóa đơn và kê khai thuế. Ngoài ra, cần thống nhất rõ trách nhiệm kê khai trong hợp đồng, lưu trữ đầy đủ hồ sơ, và định kỳ kiểm tra với cơ quan thuế để phát hiện và sửa chữa sai sót kịp thời.

Việc hiểu rõ và áp dụng đúng mức thuế GTGT đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh không chỉ giúp các bên tuân thủ các quy định pháp luật mà còn tối ưu hóa chi phí và giảm thiểu rủi ro.Để đảm bảo quy trình được thực hiện chính xác và hiệu quả, hãy liên hệ ACC ĐỒNG NAI ngay hôm nay để nhận tư vấn chuyên sâu và giải pháp phù hợp với nhu cầu của bạn.