Cần xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh sao cho chuẩn xác để không bị truy thu thuế hay bóc tách chi phí? Bài viết này từ ACC Đồng Nai sẽ cập nhật quy định pháp lý mới nhất, hướng dẫn chi tiết quy trình xuất hóa đơn an toàn, giúp doanh nghiệp tối ưu chi phí và phòng ngừa tối đa rủi ro tài chính.

1. Quy định về xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh

Theo khoản 1 Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi điểm a khoản 3 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP), khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn giao cho người mua và ghi đầy đủ nội dung theo quy định.

Đối với nhà thầu liên danh, căn cứ khoản 26 Điều 4 Luật Đấu thầu 2023 và hướng dẫn tại Công văn 1994/CT-CS ngày 24/6/2025 của Cục Thuế:

• Nếu thỏa thuận liên danh và hợp đồng ký với chủ đầu tư phân công rõ 01 thành viên (thường là thành viên đứng đầu) chịu trách nhiệm lập hóa đơn cho chủ đầu tư → thành viên được phân công được xuất hóa đơn theo toàn bộ giá trị hợp đồng của liên danh (bao gồm cả phần của các thành viên còn lại) và thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định.
  Nếu không có thỏa thuận phân công xuất hóa đơn chung → từng thành viên xuất hóa đơn cho phần khối lượng/giá trị công việc mình thực hiện, dựa trên biên bản nghiệm thu.

Từ 01/7/2026, việc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP (thay thế Nghị định 123/2020 đã được sửa đổi). Nguyên tắc cốt lõi vẫn là hóa đơn phải phản ánh đúng bản chất giao dịch và trách nhiệm đã thỏa thuận.

>> Đọc thêm: Dịch vụ thành lập công ty liên doanh tại Đồng Nai uy tín

2. Các phương án lập hóa đơn trong hợp đồng liên danh

Hiện nay, pháp luật thuế không ép buộc chỉ một hình thức xuất hóa đơn duy nhất cho liên danh. Trên thực tế, cơ quan thuế công nhận 2 phương án, và phương án nào được áp dụng phụ thuộc hoàn toàn vào thỏa thuận liên danh và hợp đồng ký với chủ đầu tư:

• Phương án 1 – Thành viên đứng đầu xuất hóa đơn toàn bộ giá trị hợp đồng: Nếu thỏa thuận liên danh và hợp đồng với chủ đầu tư quy định thành viên đứng đầu chịu trách nhiệm nhận thanh toán và xuất hóa đơn, thành viên này được xuất hóa đơn cho toàn bộ giá trị hợp đồng (bao gồm cả phần việc của các thành viên khác), rồi thực hiện thanh toán và nhận chứng từ nội bộ từ các thành viên còn lại. Đây là hướng dẫn được nhắc lại nhất quán tại nhiều công văn của cơ quan thuế, gần đây nhất là Công văn 2957/QTR-QLDN1 của Thuế tỉnh Quảng Trị (20/5/2026).
• Phương án 2 – Từng thành viên tự xuất hóa đơn cho phần việc của mình: Mỗi thành viên liên danh xuất hóa đơn trực tiếp cho chủ đầu tư tương ứng với khối lượng, giá trị công việc mình thực hiện, dựa trên biên bản nghiệm thu và bảng phân chia khối lượng đã thống nhất.

Bảng so sánh 2 phương án xuất hóa đơn liên danh:

3. Nguyên tắc lập hóa đơn trong hợp đồng liên danh

Dù áp dụng phương án nào, việc lập hóa đơn trong hợp đồng liên danh cần tuân thủ các nguyên tắc sau:

• Hình thức xuất hóa đơn (đại diện xuất toàn bộ hay từng bên tự xuất) phải được ghi rõ trong thỏa thuận liên danh và hợp đồng ký với chủ đầu tư — đây là điều kiện tiên quyết để tránh tranh chấp và bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình.
• Hóa đơn phải có đầy đủ thông tin dự án, mã số thuế các bên liên quan, giá trị tạm tính/tạm ứng (nếu có), theo nội dung hóa đơn quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
• Hóa đơn điện tử là hình thức bắt buộc theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.
• Biên bản họp liên danh và biên bản nghiệm thu khối lượng công việc là căn cứ pháp lý bắt buộc phải có trước khi xuất hóa đơn, dù theo phương án nào.
• Nếu chọn Phương án 1 (đại diện xuất toàn bộ), thành viên đứng đầu phải lưu đầy đủ hồ sơ nội bộ: bảng phân chia khối lượng/giá trị từng thành viên, chứng từ thanh toán nội bộ hoặc hóa đơn/chứng từ giữa các thành viên — để chứng minh với cơ quan thuế khi cần.
• Nếu không tuân thủ đúng nguyên tắc, doanh nghiệp có thể bị từ chối khấu trừ thuế GTGT đầu vào, hoặc bị đưa vào diện kiểm tra thuế.

Trong thực tế, không ít liên danh chọn Phương án 2 để dễ theo dõi tài chính nội bộ, đặc biệt với các dự án nhiều giai đoạn. Tuy nhiên với các gói thầu lớn, chủ đầu tư thường ưu tiên Phương án 1 để giảm đầu mối làm việc — vì vậy các thành viên liên danh nên thống nhất phương án ngay từ khi soạn thỏa thuận liên danh, trước khi nộp hồ sơ dự thầu, để tránh bị động khi ký hợp đồng chính thức.

Bạn đang phân vân nên chọn phương án nào cho dự án của mình hoặc chưa chắc chắn thỏa thuận liên danh hiện tại đã đủ chặt chẽ về điều khoản xuất hóa đơn? Đội ngũ ACC Đồng Nai có thể rà soát hợp đồng và tư vấn phương án phù hợp trước khi bạn ký kết, giúp tránh rủi ro bị treo thanh toán về sau.

>> Đọc thêm: Dịch vụ review hợp đồng tại Đồng Nai

4. Quy trình thực hiện xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh

Quy trình dưới đây áp dụng chung cho cả 2 phương án, dựa trên Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Bước 1: Xác định phương án và nội dung xuất hóa đơn trong hợp đồng

Trước khi ký hợp đồng với chủ đầu tư, các thành viên liên danh cần thống nhất chọn Phương án 1 hay Phương án 2, ghi rõ trong thỏa thuận liên danh và xin sự đồng ý của chủ đầu tư. Bước này thường mất 1-2 tuần tùy độ phức tạp dự án. Nếu bỏ qua bước này, các bên dễ rơi vào tranh chấp khi đến giai đoạn thanh toán.

Bước 2: Lập biên bản nghiệm thu và xác nhận khối lượng công việc

Sau mỗi giai đoạn thi công, các thành viên tổ chức nghiệm thu, lập biên bản chi tiết khối lượng hoàn thành của từng bên — đây là căn cứ pháp lý bắt buộc để xuất hóa đơn dù theo phương án nào. Biên bản cần có chữ ký đại diện liên danh và chủ đầu tư, thường lập theo quý hoặc theo mốc tiến độ.

Bước 3: Lập và xuất hóa đơn điện tử

Căn cứ biên bản nghiệm thu, bên chịu trách nhiệm xuất hóa đơn (thành viên đứng đầu hoặc từng thành viên, tùy phương án đã chọn) lập hóa đơn điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC. Theo điểm c khoản 4 Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, thời điểm lập hóa đơn là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình/hạng mục/khối lượng hoàn thành, không phụ thuộc việc đã thu được tiền hay chưa. Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý để tránh xuất hóa đơn sai kỳ kê khai thuế.

Bước 4: Kê khai và nộp thuế

Các bên kê khai thuế theo đúng giá trị trên hóa đơn đã xuất, khớp với hồ sơ dự án và biên bản nghiệm thu. Nếu áp dụng Phương án 1, thành viên đứng đầu cần đảm bảo hồ sơ nội bộ (chứng từ thanh toán, phân chia khối lượng) đầy đủ để giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.

5. Trách nhiệm của các bên trong xuất hóa đơn hợp đồng liên danh

Các bên tham gia hợp đồng liên danh có trách nhiệm riêng biệt trong việc xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh, nhằm đảm bảo toàn bộ quy trình diễn ra suôn sẻ.

• Thành viên liên danh: Chịu trách nhiệm chính trong việc lập, xuất hóa đơn đúng vai trò đã thống nhất (đại diện hoặc tự xuất phần việc của mình), cung cấp thông tin chính xác (mã số thuế, giá trị thực tế) để tránh sai sót dẫn đến phạt hành chính.
• Chủ đầu tư: Xác nhận và đồng ý hình thức xuất hóa đơn ngay từ đầu (ghi trong hợp đồng), kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn trước khi thanh toán, lưu trữ hóa đơn điện tử để phục vụ kê khai thuế của mình.
• Cơ quan thuế: Giám sát, có quyền yêu cầu bổ sung tài liệu nếu phát hiện bất thường trong hồ sơ liên danh.

Nếu một thành viên vi phạm nghĩa vụ xuất hóa đơn hoặc kê khai sai, toàn bộ liên danh có thể bị ảnh hưởng tiến độ thanh toán. Vì vậy, việc ký kết thỏa thuận nội bộ rõ ràng về trách nhiệm xuất hóa đơn — và sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử để theo dõi chung — là bước cần thiết để giảm thiểu rủi ro cho tất cả các bên.

>> Xem thêm: Chi nhánh sử dụng hóa đơn của công ty mẹ có hợp lệ?

6. Câu hỏi thường gặp

Hợp đồng liên danh có thể xuất hóa đơn chung hay phải riêng lẻ?

Cả hai đều được pháp luật thuế chấp nhận, miễn là được ghi rõ trong thỏa thuận liên danh và hợp đồng, có sự đồng ý của chủ đầu tư. Xuất chung (một bên đại diện xuất toàn bộ giá trị hợp đồng) phổ biến hơn trong các gói thầu xây dựng lớn để đơn giản hóa đầu mối thanh toán; xuất riêng lẻ giúp từng thành viên chủ động hơn về nghĩa vụ thuế của mình.

Nếu thành viên đứng đầu xuất hóa đơn toàn bộ, các thành viên còn lại có phải xuất hóa đơn không?

Có. Các thành viên còn lại vẫn phải xuất hóa đơn hoặc chứng từ nội bộ cho thành viên đứng đầu tương ứng với phần giá trị công việc mình thực hiện, để làm căn cứ ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai thuế của riêng mình.

Làm thế nào để xử lý hóa đơn nếu có thay đổi khối lượng công việc trong liên danh?

Các bên cần lập biên bản điều chỉnh khối lượng, sau đó xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn bổ sung theo quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh có ảnh hưởng đến kê khai thuế GTGT không?

Có. Hóa đơn phải được kê khai đúng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Mỗi thành viên liên danh kê khai riêng phần của mình dựa trên hóa đơn đã xuất (theo phương án đã chọn), tránh trùng lặp hoặc bỏ sót.

Nếu thỏa thuận liên danh không quy định rõ bên nào xuất hóa đơn thì xử lý thế nào?

Nếu thỏa thuận liên danh và hợp đồng với chủ đầu tư không ghi rõ, các bên rất dễ rơi vào tranh chấp khi đến giai đoạn thanh toán, thậm chí bị chủ đầu tư từ chối thanh toán do hóa đơn không khớp thẩm quyền. Trong trường hợp này, các bên cần lập phụ lục hợp đồng bổ sung, làm rõ trách nhiệm trước khi tiếp tục xuất hóa đơn.

Xuất hóa đơn trong hợp đồng liên danh đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro thuế và đảm bảo dòng tiền thông suốt. Nếu bạn đang vướng mắc về thỏa thuận liên danh hay quy trình xuất hóa đơn điện tử, hãy liên hệ ACC Đồng Nai ngay hôm nay để được tư vấn miễn phí.