Chi phí quản lý dự án có thuế không là câu hỏi mà nhiều doanh nghiệp, chủ đầu tư và ban quản lý dự án quan tâm khi thực hiện các dự án đầu tư xây dựng. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các quy định pháp luật hiện hành, các khoản chi phí liên quan, cách xử lý thuế giá trị gia tăng (GTGT) và các lưu ý quan trọng trong quản lý dự án. Cùng ACC Đồng Nai tìm hiểu để giải đáp chi tiết thắc mắc này.

1. Chi phí quản lý dự án là gì?

Chi phí quản lý dự án được hiểu là các khoản chi tiêu cần thiết để chủ đầu tư hoặc ban quản lý dự án thực hiện các công việc từ giai đoạn chuẩn bị, triển khai, đến khi hoàn thành và đưa dự án vào sử dụng. Theo Nghị định 10/2021/NĐ-CP về quản lý chi phí đầu tư xây dựng, chi phí này bao gồm các hạng mục như tiền lương, phụ cấp, chi phí văn phòng, công tác phí, chi phí ứng dụng công nghệ và các khoản đóng góp bắt buộc như bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế. Các khoản chi được quy định chi tiết trong Thông tư 16/2019/TT-BXD, được xác định dựa trên định mức tỷ lệ phần trăm hoặc dự toán phù hợp với quy mô, tính chất của dự án. Việc lập dự toán chi phí quản lý dự án cần tuân thủ các quy định của Luật Xây dựng 2014, sửa đổi, bổ sung năm 2020, và Nghị định 175/2024/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 30/12/2024, nhằm đảm bảo tính minh bạch và hợp pháp.

Các khoản chi phí quản lý dự án phải được hạch toán rõ ràng, có chứng từ hợp lệ để phục vụ quyết toán. Theo Thông tư 16/2019/TT-BXD, chi phí này áp dụng cho cả dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, vốn nhà nước ngoài ngân sách và các dự án đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP). Đặc biệt, các khoản chi như chi phí photo hồ sơ mời thầu ngoài số bộ đã cung cấp theo hợp đồng tư vấn, chi phí tổ chức hội nghị, công tác phí đều có thể được hạch toán vào chi phí quản lý dự án, như quy định tại Phụ lục số 1, Mục 4, Thông tư 190/2015/TT-BTC. Việc xác định chi phí cần dựa trên định mức xây dựng ban hành kèm theo Thông tư 12/2021/TT-BXD, có hiệu lực từ ngày 15/10/2021, nhằm đảm bảo tính chính xác và phù hợp với đặc thù từng dự án.

Căn cứ pháp lý cho chi phí quản lý dự án được xây dựng dựa trên các văn bản pháp luật hiện hành, bao gồm Luật Xây dựng 2014, Nghị định 10/2021/NĐ-CP và Thông tư 16/2019/TT-BXD. Các văn bản này được ban hành bởi Bộ Xây dựng, căn cứ vào Nghị định 81/2017/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ của Bộ. Đặc biệt, Nghị định 175/2024/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 30/12/2024, đã cập nhật các quy định mới về quản lý hoạt động xây dựng, bổ sung chi tiết các yêu cầu về lập dự toán và quyết toán chi phí quản lý dự án, nhằm tăng cường tính minh bạch và hiệu quả trong quản lý.

2. Chi phí quản lý dự án có thuế không?

Theo Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12, được sửa đổi, bổ sung bởi Luật 31/2013/QH13, Luật 71/2014/QH13 và Luật 106/2016/QH13, các hàng hóa và dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng tại Việt Nam đều thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, trừ các trường hợp được miễn thuế theo Điều 5 của luật. Dịch vụ quản lý dự án, bao gồm các hoạt động như tổ chức, điều hành và giám sát dự án, thường được xem là dịch vụ chịu thuế GTGT với thuế suất 10%, như quy định tại Điều 8 Luật Thuế GTGT. Cụ thể, Thông tư 72/2017/TT-BTC hướng dẫn rằng các khoản thu hợp pháp từ hoạt động quản lý dự án, không thuộc chi phí đầu tư của dự án, phải chịu thuế GTGT và các loại thuế, phí khác theo quy định. Điều này có nghĩa là nếu ban quản lý dự án nhận thù lao từ chủ đầu tư thông qua hợp đồng ủy thác, giá trị hợp đồng thường đã bao gồm thuế GTGT.

Trong thực tế, khi quyết toán dự án, một số cơ quan có thẩm quyền có thể cắt bỏ phần thuế GTGT trong chi phí quản lý dự án, dẫn đến thắc mắc về việc ban quản lý có cần xuất hóa đơn và nộp thuế hay không. Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, được trích dẫn trên cổng thông tin Chính phủ (baochinhphu.vn), các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án không thuộc chi phí đầu tư của dự án phải được kê khai và nộp thuế GTGT theo thuế suất 10%. Nếu ban quản lý dự án là đơn vị độc lập, có tư cách pháp nhân và đăng ký thuế, thì đơn vị này có trách nhiệm xuất hóa đơn GTGT cho các khoản thu từ chủ đầu tư, theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ. Trong trường hợp dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, chi phí quản lý dự án thường được hạch toán trong tổng mức đầu tư, và phần thuế GTGT có thể được khấu trừ hoặc hoàn thuế theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 126/2020/NĐ-CP.

Một số trường hợp đặc biệt cần lưu ý là các khoản chi phí như photo hồ sơ, tài liệu mời thầu ngoài số bộ đã cung cấp theo hợp đồng tư vấn, hoặc các chi phí phát sinh khác, có thể được hạch toán vào chi phí quản lý dự án theo Thông tư 190/2015/TT-BTC. Tuy nhiên, các khoản này cần được ghi chép rõ ràng, có chứng từ hợp lệ và phải tuân thủ các quy định về thuế GTGT. Nếu ban quản lý dự án không kê khai và nộp thuế đúng quy định, có thể bị xử phạt hành chính theo Nghị định 122/2021/NĐ-CP, với mức phạt từ 3 đến 5 triệu đồng đối với các vi phạm về đăng ký và nộp thuế.

>>>Xem thêm tại đây Công ty mới thành lập trễ thuế có bị phạt không?

3. Quy trình xác định và hạch toán thuế trong chi phí quản lý dự án

Bước 1: Lập danh mục chi phí quản lý dự án
Việc đầu tiên là xác định đầy đủ các khoản chi phí quản lý dự án theo quy định tại Thông tư 16/2019/TT-BXD. Các khoản chi bao gồm tiền lương, phụ cấp, chi phí văn phòng, công tác phí, chi phí ứng dụng công nghệ, bảo hiểm xã hội và các khoản chi khác được phê duyệt trong dự toán. Dự toán chi phí cần được lập dựa trên định mức tỷ lệ phần trăm hoặc dự toán chi tiết, phù hợp với quy mô và tính chất của dự án, theo Nghị định 10/2021/NĐ-CP. Các khoản chi phải được ghi chép rõ ràng, kèm theo chứng từ hợp lệ như hóa đơn, phiếu chi, bảng lương, để phục vụ quá trình quyết toán và kiểm tra.

Bước 2: Xác định đối tượng chịu thuế GTGT
Sau khi lập danh mục chi phí, cần đối chiếu với Điều 5 Luật Thuế GTGT để xác định các khoản chi nào thuộc diện chịu thuế hoặc được miễn thuế. Thông thường, các dịch vụ quản lý dự án, như tổ chức, điều hành, giám sát, đều thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 10%, theo Điều 8 Luật Thuế GTGT. Tuy nhiên, đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, một số khoản chi có thể được hoàn thuế hoặc khấu trừ theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Việc xác định đối tượng chịu thuế cần được thực hiện cẩn thận để tránh sai sót trong kê khai và nộp thuế.

Bước 3: Lập và xuất hóa đơn GTGT
Khi ban quản lý dự án thực hiện các dịch vụ quản lý theo hợp đồng ủy thác, cần lập hóa đơn GTGT cho các khoản thu từ chủ đầu tư. Hóa đơn phải ghi rõ giá trị dịch vụ, thuế suất (thường là 10%) và số tiền thuế GTGT, theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Trường hợp ban quản lý dự án không phải là đơn vị độc lập mà thuộc chủ đầu tư, các khoản chi phí quản lý dự án thường được hạch toán trực tiếp vào tổng mức đầu tư, và thuế GTGT sẽ được xử lý trong quá trình quyết toán với Kho bạc Nhà nước, theo Thông tư 08/2016/TT-BTC về quản lý vốn đầu tư từ ngân sách nhà nước.

Bước 4: Quyết toán và báo cáo thuế
Khi quyết toán dự án, các khoản chi phí quản lý dự án và thuế GTGT liên quan cần được trình bày rõ ràng trong báo cáo quyết toán, theo Nghị định 98/2025/NĐ-CP về quyết toán ngân sách hàng năm. Các chứng từ liên quan, bao gồm hóa đơn GTGT, biên bản nghiệm thu, phải được lưu trữ đầy đủ để phục vụ kiểm tra và đối chiếu. Nếu cơ quan có thẩm quyền cắt bỏ phần thuế GTGT trong quyết toán, ban quản lý cần làm việc trực tiếp với cơ quan thuế địa phương (ví dụ: Cục Thuế tỉnh Đồng Nai) để được hướng dẫn cụ thể, đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật.

Bước 5: Lưu trữ hồ sơ và xử lý vi phạm (nếu có)
Hồ sơ liên quan đến chi phí quản lý dự án và thuế GTGT cần được lưu trữ tối thiểu 10 năm, theo quy định tại Luật Kế toán 2015. Trong trường hợp phát hiện sai sót trong kê khai hoặc nộp thuế, ban quản lý có thể bị xử phạt hành chính theo Nghị định 122/2021/NĐ-CP, với mức phạt từ 3 đến 5 triệu đồng đối với các vi phạm về đăng ký và nộp thuế. Để tránh rủi ro, cần sử dụng phần mềm kế toán hoặc thuê dịch vụ tư vấn pháp lý từ các đơn vị uy tín như ACC Đồng Nai để đảm bảo tuân thủ đúng quy định.

>>>Xem thêm tại đây Dịch vụ tư vấn thuế tại Đồng Nai uy tín, chuyên nghiệp

4. Câu hỏi thường gặp

Nếu cơ quan quyết toán cắt thuế GTGT, ban quản lý có phải nộp thuế không?

Trong trường hợp cơ quan có thẩm quyền cắt thuế GTGT khi quyết toán, ban quản lý vẫn phải xuất hóa đơn và nộp thuế GTGT cho các khoản thu hợp pháp không thuộc chi phí đầu tư, theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế (baochinhphu.vn). Cần liên hệ cơ quan thuế địa phương, như Cục Thuế tỉnh Đồng Nai, để được hướng dẫn cụ thể và đảm bảo tuân thủ quy định.

Chi phí photo hồ sơ mời thầu có được tính vào chi phí quản lý dự án không?

Theo Thông tư 190/2015/TT-BTC, chi phí photo hồ sơ mời thầu ngoài số bộ đã cung cấp theo hợp đồng tư vấn có thể được hạch toán vào chi phí quản lý dự án, thuộc Mục 4, Phụ lục số 1. Các khoản chi này cần được ghi chép rõ ràng, có hóa đơn hợp lệ và phù hợp với dự toán được phê duyệt.

Doanh thu từ quản lý dự án dưới 200 triệu đồng/năm có phải nộp thuế GTGT không?

Theo Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2025, các tổ chức, cá nhân có doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm từ hoạt động kinh doanh được miễn thuế GTGT. Tuy nhiên, cần kiểm tra xem khoản thu có thuộc trường hợp miễn thuế hay không, và ban quản lý nên tư vấn với cơ quan thuế để xác nhận.

Việc hiểu rõ chi phí quản lý dự án có thuế không là yếu tố then chốt để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa chi phí.Ban quản lý dự án cần lập dự toán chi tiết, sử dụng hóa đơn điện tử và lưu trữ hồ sơ đầy đủ để tránh rủi ro pháp lý. Để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ cụ thể, hãy liên hệ ACC Đồng Nai qua website hoặc hotline để nhận giải pháp pháp lý tối ưu nhất.